【加分项>>预后模型】02.ChEA3+scRNA-seq表达

2022-01-03 本文已影响0人高大石头

题目：Prognostic Implication of a Metabolism-Associated Gene Signature in Lung Adenocarcinoma
DOI: 10.1016/j.omto.2020.09.011

整体思路

本文是比较常见的预后模型构建套路：
差异分析→Cox→LASSO→模型构建

详细的技术路线图可见原文。

下面着重聊一下文章中的加分项：

ChEA3属于转录因子预测神器，作者将13模型构建基因的可能共同转录因子进行预测，并结合STRING建立PPI网络，感觉好像一下子升华了

为了证明这些预后基因的表达情况，作者收集了相关临床样本对TOP4基因进行验证。

挺有意思的是作者竟然结合肺癌单细胞测序结果，再次证明13个基因的表达情况。在2020年就有这个觉悟，不简单呀。

Fig S6B
彩蛋：最后来看一下作者是怎么收集的这1943个基因。在GeneCards整理类似的基因，同样可以发SCI吆。