conda安装与使用-miniconda管理R与Python环境
背景：来到新公司登录新服务器的相关操作，主要是修改.bashrc文件和miniconda的安装与使用。
- .bashrc文件的配置
首先拿到一个崭新的服务器ip地址，登录上去以后是空空如也，但实际上使用ls -a命令可以查看所有的隐藏文件。隐藏文件通常是以点号.开头的，它们代表着系统的一些原始配置文件。
其中.bashrc文件是每次登录上ip后会自动执行的一个文件，因此通过它可以预设终端的时间、路径显示的方式以及颜色等。
通过vim .bashrc编辑.bashrc文件：
找到原始的PS1信息并注释，替换为以下语句：
export PS1="\033[36;1m\h \033[35;1m\d \033[34;1m\t \033[33;1m\w\e[0m \n$"
这样时间和路径等提示信息有了颜色，且查看文件内容的时候不同的文本也有了不同的颜色：
image.png
配置别名：
alias ll='ls -alFt'
alias la='ls -A'
alias l='ls -CF'
- conda(miniconda)的安装与使用
建立一个文件夹用于以后存放所有的软件mkdir 01.software
进入到新创建的文件夹cd 01.software
创建conda的存放路径mkdir miniconda
下载conda的安装包：
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
如果服务器有防火墙无法下载，那么就去网站上下载此安装包并上传到服务器的conda路径下。
直接使用bash运行安装包文件：
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
一直点enter键或者输入yes（相当于windows安装软件的“下一步”）就可以完成安装。
当路径前出现base代表conda安装成功，有的服务器不会出现，则刷新一下.bashrc 即可(source ~/.bashrc)。
conda安装成功以后，就可以使用它创建自己的环境。
conda create -n scRNA python=3.8
-n 代表的是创建的环境名字，可以任意输入;python=3.8等于是在scRNA这个环境中配置3.8版本的python。
激活scRNA环境conda activate scRNA
一般情况下，进入一个新的conda环境需要配置R和python的信息。
在生信研究中，很多生信包都在bioconda中，因此添加这个生信包的源库conda config --add channels bioconda
此外，建议添加另一个常用的库conda config --add channels conda-forge
然后就可以非常方便地下载R，首先使用conda search r-base寻找可下载的R版本，注意下载R是r-base：
然后直接下载conda install r-base=3.6.3,r-base=3.6.3指的是下载3.6.3版本的R。
R和python都安装好了的时候，开始配置它们的包的安装路径。
使用python -m site查看python包的安装路径;
使用python -m site help查看python包的安装配置文件路径以修改其安装路径；
vim 包的配置文件修改python的包的安装路径。
直接使用R进入R终端，
使用.libPaths()查看包的路径（一般在conda路径下），
q()退出R，cd ~回到/home/目录，vim Rprofile.r编辑一个原始的R包配置配置文件，输入以下代码：
cc<-.libPaths() #'将默认的包路径存在变量cc中
.libPaths(c(cc,"别的包路径1","别的包路径2")) #'添加别人的路径到配置中
保存Rprofile.r脚本，R进入终端，source ~/Rprofile.r即修改了R包的安装路径，从此通过install.packages()等命令安装的包都会存储在自己配置的路径中。
