cMap新版clue的使用——Morpheus

2020-06-16 本文已影响0人 Clariom

之前在Connectivity Map(cMap)的探索应用（二）中提到了两种cmap在线分析网站，一个是build2 ；另一个是CLUE平台。bulid2在cMAP在线分析——旧版build2的使用那期已经讲解过，今天就来简单介绍下CLUE平台的使用！由于CLUE平台的功能很多，会分多期讲解。上一期cMAP新版clue的使用——Data Library已经简单介绍了Data Library的操作方法，今天开始 Morpheus的介绍！

cMAP新版clue在线分析，网站：https://clue.io/。

clue的主工具区（Tools）

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今天主要介绍Morpheus（Versatile matrix visualization and analysis software），该工具主要用于网站数据库或自己上传数据库的热图形式查看数据，可聚类，创建新注释，搜索，过滤，排序，显示图表等功能。

数据格式介绍

首先点击Tools—Morpheus进入如下界面，加载的数据格式可以是GCT 1.3, GCT 1.2, MAF, GMT这几种：

GCT格式文件：是制表符分隔的文本文件格式，可方便地分析与矩阵兼容的数据集，因为它允许将有关实验的元数据与实验数据一起存储。GCT文件可以存储行和列元数据。通常，每列代表特定实验（例如，用小分子药物处理细胞系MCF7），每一行代表在测定中测量的特征（例如基因）。GCT文件有两种主要格式，即GCT（文本，v1.3）和GCTx（二进制，v1.0）。下面显示了一个版本1.3的GCT文件（在电子表格中打开）的示例：

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MAF格式文件：是mutation记录文件，那么maf格式的数据是如何得来的呢？在测序数据分析过程中通过snp-calling得到vcf格式的突变记录数据文件，然后通常是对其中的somatic突变进行注释，得到MAF格式的数据.
GMT格式文件：Gene Matrix Transposed file format，GMT文件格式是制表符分隔的文件格式，用于描述基因集。在GMT格式中，每一行代表一个基因集，GMT文件格式的组织如下：

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数据演示(以GMT格式为例)

直接将gmt文件拖入其中，即展示如下页面，可以进行一系列编辑、查看、保存等基础功能，还可以尝试Tools中的各种分析工具。针对此c5.all.v6.2.symbols.gmt文件（源自GSEA官网）来说，收录的所有功能条目，每个功能条目包含的基因。热图的展示便于呈现基因和功能分类之间的关系，一目了然的了解到基因在功能中的分布情况。