RIP-Seq（5）-- motif分析
2022-06-18 本文已影响0人
Li_bioinfo
寻找hnRNPK与CBFB公有peak的motif
构造HOMER软件指定使用的peak文件格式
该文件格式需要五列信息（使用Tab分隔），分别是 peak ID , chr , start , end ,strand 。
awk '{print "peak_"NR"\t"$1"\t"$2"\t"$3"\t+"}' hnRNPK_CBFB_FLAG_antibody.bed >hnRNPK_CBFB_FLAG_homer.bed
处理后数据长这个样子
head hnRNPK_CBFB_FLAG_homer.bed
peak_1 chr21 8211187 8441073 +
peak_2 chr7 72879373 72921636 +
peak_3 chr7 73301119 73302966 +
peak_4 chr7 72925226 73300108 +
Motif 分析及peak注释
findMotifsGenome.pl hnRNPK_CBFB_FLAG_homer.bed hg38 hnRNPK_CBFB_FLAG_homer -len 8,10,12
# peak文件：CBFB_FLAG_antibody_peaks.bed
# 基因组版本：hg38
# 输出路径：../homer/CBFB_FLAG_antibody_motif
# motif长度：-len 8,10,12
# motif的软件默认长度为8，10，12
image.png
