【No.1】Cancer Research

N6-甲基腺苷修饰的circCPSF6激活YAP1驱动肝细胞癌的恶性
DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-21-1628
标题: Activation of YAP1 by N6-methyladenosine-modified CircCPSF6 Drives Malignancy in Hepatocellular Carcinoma
影响因子 12.701 发刊频率：半月刊

环状RNA (CircRNA)和N6甲基腺苷(m6A)修饰广泛参与多种肿瘤的进展，包括肝细胞癌(HCC)。然而，在HCC的发病机制中，CircRNA和m6A之间的相互作用仍然是难以捉摸的。在这里，我们研究了m6A介导的HCC中CircRNA的调节。通过整合来自两项已发表研究的信息来鉴定M6A相关的circRNA，揭示了环状切割和聚腺苷酸化特异性因子6(circCPSF6)是—种亲白收MNA修饰的circRNA。CircCPSF6主要由ALKBH5介导的去甲基化，然后是YTHDF2的识别和失稳。同时，在HCC标本中circCPSF6表达上调，circCPSF6表达升高是HCC患者生存率降低的独立预后因素。功能丧失分析表明，circCPSF6维持细胞增殖和致瘤性，增强细胞活力和肿瘤转移。CircCPSF6触发YAP1的表达，进一步激活其下游级联。在机制上，circCPSF6竞争性结合PCBP2，减弱其与YAP1 mRNA的结合，从而维持YAP1的稳定性。在功能上，去除YAP1可在体外和体内逆转circCPSF6的作用。circCPSF6-YAP1轴的异常激活促进了肝癌的恶性程度。这些发现为通过m6A修饰调控CircRNA以及这种表观遗传重编程在HCC中的作用提供了新的见解。

【No.2】 Nature Communication

念珠菌酵母病原体的长非编码RNA图谱
DOI: 10.1038/s41467-021-27635-4
标题: The long non-coding RNA landscape of Candida yeast pathogens
影响因子：14.919 发刊频率：双月刊

长非编码RNA (lncRNAs)是一类研究较少的转录物，在关键的细胞过程中发挥着新的作用。尽管在许多物种中对lncRNAs进行了表征，但在大多数真核微生物中，包括念珠菌分支的酵母菌病原体中，这些分子仍然没有得到很大程度的研究。在这里，我们分析了数千个公开的测序数据集，以推断和描述五种主要的念珠菌病原体的lncRNA序列:白色念珠菌、热带念珠菌、副丝裂念珠菌、金黄色念珠菌和光滑念珠菌。我们的结果表明，这些物种的基因组编码了数百个1ncRNAs，这些1ncRNAs显示了介于基因间基因组区域和蛋白质编码基因之间的进化约束水平。尽管在研究物种中它们的序列保守性较低，但一些1ncRNAs是共线的，并且富含共享序列基序。我们发现IncRNAs与某些蛋白质编码转录本共表达，暗示潜在的功能关联。最后，我们鉴定了四种研究物种在人类上皮细胞感染期间差异表达的IncRNAs。我们对念珠菌IncRNAs的全面生物信息学分析为这些转录本的未来功能表征铺平了道路。

【No.3】 Nature Communication

低至高级别局限性前列腺肿瘤的表观遗传异质性缺失
DOI: 10.1038/s41467-021-27635-4
标题: Epigenetic loss of heterogeneity from low to high grade localized prostate tumours
影响因子：14.919 发刊频率：双月刊

由于高度的异质性，很难确定可归因于局限性前列腺癌特定阶段的精确分子亚型。批量分析代表总体平均值，掩盖了单细胞水平上存在的异质性。在这项工作中，我们对18例快速冷冻前列腺肿瘤的14424个单细胞的染色质区域进行了测序。我们观察到低级别前列腺癌细胞的共同染色质特征在高级别肿瘤中丢失。尽管存在这种缺失，高级别肿瘤表现出FOXA1、HOXB13和CDX2转录因子结合位点的富集，表明存在共同的反调节程序。我们鉴定了两个编码神经元粘附分子的独特基因，它们在高级别前列腺肿瘤中高度易获得。我们用循环免疫荧光法显示NRXN1和NLGN1在前列腺癌的上皮细胞、内皮细胞、免疫细胞和神经细胞中的表达。我们的结果提供了对原发性前列腺肿瘤中活性基因调控网络的更深入的理解，这对疾病的分子分层至关重要。

【No.4】 Nature Communication

结核分枝杆菌前耐药性的基因组特征
DOI: 10.1038/s41467-021-27616-7
标题:Genomic signatures of pre-resistance in Mycobacterium tuberculosis
影响因子：14.919 发刊频率：双月刊

细菌全基因组测序的最新进展导致了结核分枝杆菌中抗生素耐药性基因组特征的全面分类。为了预防耐药性的出现，我们假设易感基因型中预先存在的多态性(抗药性前突变)可能会增加未来产生耐药性的风险。我们对17年期间取样的3135个分离物的全基因组进行了测序。在时间校准的系统发育树上重建祖先基因组后，我们开发并应用全基因组生存分析来确定获得抗性的风险。我们证明结核分枝杆菌谱系2比谱系4具有更高的获得耐药性的风险，并估计异烟肚单药耐药后利福平耐药性演变的风险更高。此外，我们还描述了与获得抗性的高风险相关的基因座和基因组多态性。确定未来抗生素耐药性的标志物可以实现靶向治疗，以防止结核分枝杆菌和其他病原体出现耐药性。

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