ncRNA

Exploring functions of long nonc

2018-05-14  本文已影响40人  Thinkando
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这篇文章用公共数据发表到了 scientific report,影响因子为4.29。

0. 文章idea来源

于是作者有了一个idea, 是不是不同的癌症之间,也共享一些lncRNA变异?

1. 有了idea, 寻找新颖的解决方法

2.有了解决方法,寻找实验对象

4. 结果

  1. 先看一下差异表达
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  1. 图a 说明,PCGs 14470 中有11147 共表达
  2. 图b 说明,lncRNA 2902 中有896共表达
  3. 图c 横坐标 不同基因,纵坐标表达比例
  4. PCGs 表达 高于 lncRNA
  1. 再看一下聚类,癌症样本和正常样本
Hierarchical clustering based on expression profiles of significantly differentially expressed lncRNA genes (DELs) from each cancer type. (a) The heatmap of 357 DELs in bladder cancer. (b) The heatmap of 321 DELs in prostate cancer. (c) The heatmap of 267 DELs lung adenocarcinoma. (d) The heatmap of 375 DELs in breast cancer. The intensity of the color scheme is scaled to expression values (log2(FPKM + 0.1)) which are Z-score standardized per gene. The color bar above the heatmap represents the sample groups, and red indicates tumor sample, and blue represents normal sample.
  1. 作者筛选出有236个共表达lncRNA,但只有11个有文献报道,见下图
所有四种癌症中的11种特征性的onco-lncRNA的热图。红色表示上调,蓝色表示下调。空白表示在癌症中不显着表达的基因。
  1. 共表达进化树
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  1. 作者把这12个模块做了功能富集分析,并预测这些表达的功能
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  1. 最后为共表达网络分析
brown top51 hub 基因

5 结论

  1. 首次使用WGCNA方法基于RNA-seq数据研究跨多个癌症的lncRNA的功能
  2. 这篇文章找到的236个onco-reports 只有11个是已报到的,剩下的需要去验证
  3. 提出了一种简便高效的策略来鉴定与癌症相关的重要lncRNA并预测它们潜在的功能作用,这可以指导随后的实验研究。
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