利用HMM，jalview找基因家族

本次介绍不能直接利用pfam号找hmm模型的情况。

首先，拿到所需要参考基因的蛋白质序列，然后将序列导入jalview，进行比对，如图（刚把序列放进去的时候，alignment可能是灰色的，稍安勿躁，软件可能需要反应一会儿）。

然后结果出来之后，选save as，将文本保存为如下模式

再随后将stk文件改为sto文件，并将该文件拖入hmmer文件夹下，即

然后我们打开命令提示符，输入以下，即可得到hmm文件，即建模。

然后我们就可以比对啦~我们将hmm文件在要找的物种的蛋白序列中进行比对，如图

然后就可以得到所需要的序列咯

完美，睡觉了，jalview需要在java环境下运行~