生信星球培训第107期

《学习小组Day6笔记--寒鹤》

2021-05-01  本文已影响0人  寒鹤冷月

R包之dplyr包学习

R包dplyr可用于处理R内部或外部的结构化数据,dplyr专注接受dataframe对象,提高了数据处理速度,并且提供了更稳健的数据库接口。

dplyr包安装

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
install.packages("dplyr")

dplry包加载

library(dplyr)

dplyr五个基本函数

mutate()新增列,并保留改变前和改变后的列

 > test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]
> mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)
    Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width
1            5.1         3.5          1.4         0.2
2            4.9         3.0          1.4         0.2
51           7.0         3.2          4.7         1.4
52           6.4         3.2          4.5         1.5
101          6.3         3.3          6.0         2.5
102          5.8         2.7          5.1         1.9
       Species   new
1       setosa 17.85
2       setosa 14.70
51  versicolor 22.40
52  versicolor 20.48
101  virginica 20.79
102  virginica 15.66

select()按列筛选,在结果中只会保留筛选的列

> select(test,1) #按列号筛选
    Sepal.Length
1            5.1
2            4.9
51           7.0
52           6.4
101          6.3
102          5.8
> select(test,Sepal.Width) #按列名筛选
    Sepal.Width
1           3.5
2           3.0
51          3.2
52          3.2
101         3.3
102         2.7

filter()筛选行

> filter(test, Species == "setosa")
  Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa

arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序

> arrange(test,desc(Sepal.Length)) #desc函数降序排列
  Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species
1          7.0         3.2          4.7         1.4 versicolor
2          6.4         3.2          4.5         1.5 versicolor
3          6.3         3.3          6.0         2.5  virginica
4          5.8         2.7          5.1         1.9  virginica
5          5.1         3.5          1.4         0.2     setosa
6          4.9         3.0          1.4         0.2     setosa

summarise():汇总,并结合group_by函数使用,group_by用于分组

> summarise(group_by(test,Species),mean(Sepal.Length),sd(Sepal.Length))
# A tibble: 3 x 3
  Species    `mean(Sepal.Length)` `sd(Sepal.Length)`
  <fct>                     <dbl>              <dbl>
1 setosa                     5                 0.141
2 versicolor                 6.7               0.424
3 virginica                  6.05              0.354

管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)
%>% :相当于将左边的作为右边函数的第一个参数

> test %>%
+ group_by(Species) %>%
+ summarise(mean(Sepal.Length),sd(Sepal.Length))
# A tibble: 3 x 3
  Species    `mean(Sepal.Length)` `sd(Sepal.Length)`
  <fct>                     <dbl>              <dbl>
1 setosa                     5                 0.141
2 versicolor                 6.7               0.424
3 virginica                  6.05              0.354

count统计某列的unique值

> count(test,Species)
     Species n
1     setosa 2
2 versicolor 2
3  virginica 2

dplyr处理关系数据

将两个表连接,如.內连inner_join,取交集,左连left_join,全连full_join,半连接:返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join,反连接:返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join,简单合并

> test1<-data.frame(x=c("b","e","f","x"),
+                   z=c("A","B","C","D"),
+                   stringsAsFactors = F)
> test2<-data.frame(x=c("a","b","c","d","e","f"),
+                   y=c("1","2","3","4","5","6"),
+                   stringsAsFactors = F)
> inner_join(test1,test2,by="x")
 x z y
1 b A 2
2 e B 5
3 f C 6
> left_join(test1,test2,by="x")
  x z    y
1 b A    2
2 e B    5
3 f C    6
4 x D <NA>
> full_join(test1,test2,by="x")
  x    z    y
1 b    A    2
2 e    B    5
3 f    C    6
4 x    D <NA>
5 a <NA>    1
6 c <NA>    3
7 d <NA>    4
> semi_join(x=test1,y=test2,by="x")
  x z
1 b A
2 e B
3 f C
> anti_join(x=test1,y=test2,by="x")
  x z
1 x D
> test1<-data.frame(x=c(1,2,3,4),y=c(10,20,30,40))
> test2<-data.frame(x=c(5,6),y=c(50,60))
> test3<-data.frame(z=c(100,200,300,400))
> bind_rows(test1,test2)
  x  y
1 1 10
2 2 20
3 3 30
4 4 40
5 5 50
6 6 60
> bind_cols(test1,test3)
  x  y   z
1 1 10 100
2 2 20 200
3 3 30 300
4 4 40 400
图片.png

今天主要是学习dplyr包的一些基本操作,虽然之前已经接触过部分内容的学习,但感觉忽略了一些基本操作,今天的内容学习又巩固了一遍!明天继续加油哇!

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