三代测序专题二：NGS数据要不要？
2022-04-25 本文已影响0人
凌恩生物
作者观点
1.推荐使用PacBio+NGS策略组装基因组；
2.牢记：几乎所有测序公司的生物学水平都很low，请用生物专业的眼光查看结果，别被所谓的技术专家忽悠。
上述对话，我们每周都会碰到若干起。
（1）那到底是否需要NGS纠错呢？
（2）怎么看结果是否可靠？
一、文献证据
先看NG神作，利用Pacbio+BioNano+Hi-C+Illumina多层级的策略，组装了一只山羊（Capra hircus）的基因组。注意最后第二步仍然使用NGS数据进行校正和纠错！
组装策略及组装结果
二、凌恩真实数据——神作距离我们太远
我们使用真实项目数据解剖其中的奥秘。为了论证方便，我们使用两株细菌基因组数据展开研究。
1、数据与组装状态
2、全局共线性
下图可以看到，全局共线性非常好。
3、细节1：微共线性
随机挑选同源基因看比对结果：
可以看到，每个基因对中存在多处碱基变异，到底该信谁？
只能依靠NCBI基因注释或者 PCR Sanger 测序结果。
4、细节2：基因数量（RAST预测）
生物学常识：细菌基因组的基因密度为1个/kb。
单纯 PacBio 组装结果很明显存在异常，基因数量显著增加的原因在于基因组存在 大量SNP 和 Indel，导致基因结构被破坏。一个完整的基因很有可能被预测成2个或者更多，导致基因数量明显上升。
