pysam使用及出现的问题

从问题开始

1.问题

实际是无头文件的过 官方文档

                应放位置：

AlignmentFile跟的参数

报错改变：

非执行错误：不能迭代没头文件的sam

问题还是头文件。尝试：

samtools view

解决，但是是将sam转为bam才能行的，而且用samtools view 看转出的bam并不带header，或许bam不需要header也能用来迭代，但sam不行？

总之，bam体积小，有samtools时查看也并没有不方便，之后的程序可以改进为使用bam文件。

问题并未解决。关于header的问题：

如何在取出的序列的文件里加上header？

只是暂时，只是暂时用bam规避了这个问题。现在跳过他分析结果

rname 和rnext type查看类型，其实也没必要。

结果是很多rname ！=rnext的需要过滤。加上即可

虽然-T但并没在bam中看到header

查看使用结果：

3（最新过滤的）比2（未过滤rname的）要小很多

鉴于.sam 和._2sam没什么用了，现在已经删除。

但是总的还不完整。缺点在1. 两条一样类型的，如下面的这个，都是HMH

一端多匹配但是这两条全是补充序列，并非↓ 这种

提示：还得多看取出的序列，会出现没考虑到的问题

缺点2：现在还只是对单端多匹配在优化，并没有顾及其他类型。

总结：1.转为bam再操作优势明显，避开考虑header的问题，其次所占存储空间小，最后并不影响操作，且取出的东西也不是二进制形式（待验证）【已验证】，原文件是bam，取出的序列却并非二进制格式。

结果 代码

            2.two_pair.sam 漏做了，需要补上。[已补]