分子生物学听课笔记
C值反常：一般来说，越是高等的生物，基因组越长，但也有很多反常现象。
越高等的生物，基因数目越多，基因密度越小。
mRNA转录出后还需要剪切掉内含子序列才能成为成熟RNA
染色体：是指细胞分裂时期出现的一种可以被碱性染料强烈染色，并具有一定形态，结构特征的复合物，是遗传信息的载体，由DNA，RNA(主要是还未完成转录而与模板DNA相连接的哪些RNA，其含量不到DNA的10%)和蛋白质构成具有储存，传递遗传信息的作用。
细菌DNA是一条相对分子质量在10⑼左右的共价，闭合双链分子，通常也被称为染色体。
作为遗传物质染色体具有如下特征：1，分子结构相对稳定。2，能够自我复制，使亲子代之间保持连续性。3，能够知道蛋白质的合成。4，能够产生可遗传的变异。
真核细胞染色体的组成：
1，蛋白质，包括组蛋白与非组蛋白。组蛋白是染色体的结构蛋白，它们与DNA组成核小体。通常可以用2mol/L的氯化钠或0.25mol/L HCl /硫酸处理染色质使组蛋白与DNA分开，然后用离子交换柱层析分离。
不重复序列，一般只有一个或者几个拷贝，占DNA总量的40%-80%，结构基因基本上属于不重复序列。中度重复序列，这类序列的重复次数为10⑴-10⑷，占总DNA的10%-40%各种rRNA，tRNA以及某些结构基因如组蛋白基因等都属于这一类。高度重复序列——卫星DNA，这类DNA只在真核生物中发现，占基因组的10%-60%，由6-100个碱基组成，在DNA链上串联重复成千上万次。实验室中常常用CsCl密度梯度离心将卫星DNA与其他DNA分开，形成两个以上的峰，即含量较大的主峰和高度重复序列小峰，后者又称为卫星区带。卫星DNA是不转录的，其功能不明，可能与染色体的稳定性有关。
HMG蛋白质：高迁移率族蛋白。是指一系列染色质相关蛋白。
DNA结合蛋白：非组蛋白，与DNA复制或转录有关的酶或调节物。
核小体：构成染色质的基本结构单位，由核心颗粒和连接区DNA组成。由H2A H2B H3 H4各两个分子生成的八聚体和由大约200bp DNA组成。
真核生物基因组结构特点：
1，真核基因组庞大
2，有大量重复序列
3，大部分为非编码序列
4，真核基因组的转录产物为单顺反子
5，真核基因是断裂基因，有内含子存在
6，存在大量顺式作用原件，包括启动子，增强子，沉默子等
7，真核基因组中存在大量的DNA多态性。DNA多态性是指DNA序列中发生变异而导致的个体间核苷酸序列的差异，主要包括单核苷酸多态性( single nucleotide polymorphism , SNP)和串联重复序列多态性(tandem repeats polymorphism)两类
8，真核基因组具有端粒结构，端粒是真核生物线性基因组DNA末端的一种特殊结构，它是一段DNA序列和蛋白质形成的复合体其DNA序列相当保守。具有保护线性DNA的完整复制，保护染色体末端和决定细胞寿命等功能。
由DNA和组蛋白组成的染色质纤维细丝是许多核小体连成的念珠状结构。
原核生物基因组特点：
1，结构简练
2，存在转录单元，原核生物DNA序列中功能相关的RNA和蛋白质基因，往往从集在基因组的一个或几个特定部位，形成功能单位或转录单元，它们可被一起转录为含多个mRNA的分子，叫多顺反子mRNA。
3，有重叠基因
DNA
DNA二级结构：
生物体内，无论是DNA二级结构还是高级结构，都是时刻变化的，即在二级结构的和各种构相间，高级结构的各种构相间，存在一个动力学平衡。DNA二级结构可分为两类：一类是右手螺旋，如A-DNA 和B-DNA 。一类是左手螺旋，即Z-DNA。DNA通常是以右手螺旋形式存在的。
DNA右手螺旋的几种构象及其动态平衡：
B-DNA钠盐结构含水量较高，是大多数DNA在细胞中的构象。
A-DNA的结构 在相对湿度75%以下时，X射线衍射分析表明DNA的构象不同于上述B-DNA的结构特点，虽然也是右手双螺旋，但碱基对于中心轴的倾角发生改变，螺旋宽而短，每圈螺旋包含11个碱基对。
DNA复制涉及拓扑异构酶，解旋酶，单链结合蛋白，引物合成酶，DNA聚合酶，DNA连接酶
一般把生物体内能独立复制的单位称为复制子，复制时，双链DNA要解开成两股分别进行，所以，这个复制起始点呈叉子形式，被称为复制叉。复制叉从复制起始点开始沿着DNA链连续移动。可产生两个复制叉，双向复制。
从细菌，酵母，线粒体，叶绿体中鉴定出的复制起始点的共同特点是含有丰富的AT序列。通常，细菌，病毒，线粒体的DNA分子都是作为单个复制子完成复制的。真核生物基因组可以同时在多个复制起始位点进行双向复制。真核生物复制子并非同时起作用。
复制子中控制复制终止的位点称为复制终止点。环形大肠杆菌DNA，复制从双向进行，到复制起始位点180度的地方便是复制终止位点。
复制方向，通过放射自显影实验可以判断DNA复制的方向性。先用低放射性的
前导链DNA的合成以5'——>3'方向，随着亲代双链DNA的解开而连续进行复制(目前只发现了5'——>3'方向的DNA合成酶)。后随链合成过程中，一段亲本DNA单链首先暴露出来，然后以与复制叉相反的方向合成一系列冈崎片段，然后把它们连接成完整的后随链。这样的复制在生物界具有普遍性，被称为双螺旋DNA的半不连续复制。
线性DNA双链的复制：复制叉生长方式有单一起始点的单向和双向，多个起始点的双向。
环状DNA双链的复制：θ型，前导链DNA开始复制前，复制原点的核酸序列被转录生成短RNA链，作为起始DNA复制的引物。
滚环型，是单向复制的一种特殊方式。
D环型
原核生物DNA复制的特点
如下图为大肠杆菌DNA复制起始点(oriC)保守序列分布图：(其中DnaA是DNA解旋酶)
1，DNA双螺旋的解旋
DNA在复制时，复制起始点双链首先解开，形成复制叉，这是一个有多种蛋白质及酶参与的复杂过程。例如：拓扑异构酶Ⅰ，解链酶，Dna蛋白等。一旦局部解开双链，就必须有SSB蛋白来稳定解开的单链，以保证该局部结构不会恢复成双链，接着由引发酶等组成引发体迅速作用于两条单链DNA上。无论是前导链还是后随链都需要一段RNA引物以起始子链DNA的合成。
原核一个转录起始位点，控制多个基因
基因组大小
基因密度
基因间序列，，，功能未知。不是内含子
假基因：病毒感染，逆转录，整合到基因组上。称假基因。假基因无启动子。
重复序列：微卫星DNA 基因组单位重复
以下序列不参与基因表达，不是基因：
复制起始位点
着丝粒
端粒
黏粒将复制的DNA，姐妹染色单体绑在一起
大沟，小沟
大沟中有丰富的化学信息，如碱基对，
DNA变性，复性，是可逆的。
连环数=扭转数+缠绕数
扭转数是一条链绕着另一条的次数( DNA双螺旋可以看做一条链围绕另一条链的次数)，缠绕数是螺旋的螺旋，是互卷和螺线管数目的总和。
cccDNA就是没有螺旋的双链DNA分子，乙肝病毒DNA就是这样的分子。
拓扑异构酶可以破坏糖-磷酸骨架(简单来说，拓扑异构酶作用方式是剪开其中一条链，使其穿过另一条链，来解开螺旋。)
