Netcdf4安装指南

2016-11-01 本文已影响0人 zhejianggaoxiao

本指南的目的在于实现netcdf4在个人PC或是服务器上的安装，主要实现功能是netcdf4中的数据压缩（Compression）功能，若需要其他功能，请参阅官方指南：Getting and Building netCDF。

一、所需安装包

实现Data Compression所必须的安装包只有四个

另：非必装：curl 7.18.0 or later (for DAP remote access client support)

二、安装步骤

注意：编译器的选择，在 /.configure中需要进行相关配置，也可在其之前就进行配置。在本次安装过程中，所需的C编译器和fortran编译器分别为intel的icc和ifort。

0、编译器设置

$ export CC=icc
$ export CXX=icpc
$ export CFLAGS='-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel'
$ export CXXFLAGS='-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel'
$ export F77=ifort
$ export FC=ifort
$ export F90=ifort
$ export FFLAGS='-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel'
$ export CPP='icc -E'
$ export CXXCPP='icpc -E'

1、zlib安装

$ ZDIR=/home/gaoxiao/software/zlib    #安装文件夹
$ mkdir ${ZDIR}
$  ./configure --prefix=${ZDIR}
$  make check
$  make install

2、安装hdf5

$ H5DIR=/home/gaoxiao/software/hdf5
$ mkdir ${H5DIR}
$ ./configure --with-zlib=${ZDIR} --prefix=${H5DIR} -enable-fortran -enable-cxx 
$ make check
$ make install

注意：

必须要有--with-zlib=${ZDIR}，否则会报错相关库文件找不到。
在个人PC机上安装时，可能会提示C++的注释方式不可用于IS90规范中，遇此错误，目前的解决方法是找到相关文件，将C++的注释方式//改为C的注释方式/* */，目前已知安装过程中有两个文件共两处需要修改。
HDF5相关配置选项

3、安装Netcdfc

$NCDIR=/home/gaoxiao/software/netcdfc
$mkdir ${NCDIR}
$CPPFLAGS=-I${H5DIR}/include LDFLAGS=-L${H5DIR}/lib  ./configure --prefix=${NCDIR} --enable-netcdf-4 --enable-largefile --disable-dap
$make check
$make install

注意：

目前服务器上安装的netcdf4，在配置时选择了--disable-netcdf4，如此安装不需要以上的0，1，2步骤，可以直接安装，导致的结果是无法使用netcdf4中的一些新特性如Compression等功能；
必须包含CPPFLAGS=-I${H5DIR}/include LDFLAGS=-L${H5DIR}/lib，否则报错提示相关文件找不到；
Netcdfc相关配置选项（网页中部位置）

4、Netcdf-fortran安装

$NFDIR=/home/gaoxiao/software/netcdf_fortran
$mkdir ${NFDIR}
$export CPPFLAGS="-I/home/gaoxiao/software/szip/include -I/home/gaoxiao/software/zlib/include -I/gaoxiao/software/hdf5/include -I/home/gaoxiao/software/netcdfc/include"
$export LDFLAGS="-L/home/gaoxiao/software/szip/lib -L/home/gaoxiao/software/zlib/lib -L/home/gaoxiao/software/hdf5/lib -L/home/gaoxiao/software/netcdfc/lib"
$export LD_LIBRARY_PATH=${NCDIR}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
$CPPFLAGS=-I${NCDIR}/include LDFLAGS=-L${NCDIR}/lib ./configure --prefix=${NFDIR} --disable-fortran-type-check 
$make check
$make install

三、安装结果

可以通过nc-config --all查看所安装的netcdf的状态

nc-config.png
注意：不同配置选项最终结果可能不一样。

Reference：

Part A：文档查阅
1、Netcdf Official Site
2、Netcdf Download Site
3、Netcdf Documentation
4、2011 Unidata NetCDF Workshop
5、2012 Unidata NetCDF Workshop
6、NetCDF Fortran 90 Interface Guide
7、WELCOME to the HDF5 Home Page
Part B：安装参考
1、Getting and Building netCDF
2、在CentOS上安裝netCDF4流程
3、Linux下用Intel编译器编译安装NetCDF-Fortan库(4.2以后版本)
4、netcdf安装、zlib 、szip、hdf5、mpich2、curl系列软件安装