重测序-筛去部分样品并统一编号

筛取vcf中的样品

$ bcftools view -S samplelist_vcf.txt all.vcf >snp/all_snp.vcf

samplelist_vcf.txt中按列排样本名即可

曾是bed文件

重命名，再转为bed文件

$ bcftools reheader -s rename_snp.txt snp/all_snp.vcf -o snp/new_all_snp.vcf && rm snp/all_snp.vcf &&
$ plink  --file snp/new_all_snp  --map3 --missing-genotype 0 --make-bed  --out snp/new_all_snp

rename_snp.txt是一个两列文件，分别是旧ID和新ID

筛取bed中的样品

$ plink --allow-extra-chr -bfile all_SV_heter --keep samplelist.txt --recode --make-bed --out sv/all_sv

samplelist.txt也得是一个两列文件，FAMID和sampleID

重命名，转回vcf文件

还没搞清楚要怎么重命名

$ plink --bfile  sv/new_all_sv --recode vcf --out sv/new_all_sv

转回vcf文件的必要性不大