Omni-ATAC文献速读

目前市面上的公司做ATAC-seq基本上采用的都是Omni-ATAC这套Protocal，稳定性比较好。

文献信息

An Improved ATAC-seq Protocol Reduces Background and Enables Interrogation of Frozen Tissues

• 2017年12月，Greenleaf实验室发表在Nature Methods

• 原文链接：https://www.nature.com/articles/nmeth.4396

• DOI: 10.1038/nmeth.4396

• 摘要：We present Omni-ATAC, an improved ATAC-seq protocol for chromatin accessibility profiling that works across multiple applications with substantial improvement of signal-to-background ratio and information content. The Omni-ATAC protocol generates chromatin accessibility profiles from archival frozen tissue samples and 50-μm sections, revealing the activities of disease-associated DNA elements in distinct human brain structures. The Omni-ATAC protocol enables the interrogation of personal regulomes in tissue context and translational studies.

概述

• 本文是斯坦福大学Greenleaf教授（ATAC-seq的发明者）实验室对ATAC方法进行的一次重要改进，该protocol目前已被广泛引用。

• protocol的主要改进：

  • 使用多种去污剂(such as NP40, Tween-20, and digitonin)，以提高通透效果和去除线粒体

  • 裂解后用Tween-20洗，以更好地去除线粒体

  • 转座酶切时使用PBS，以提高信噪比

• protocol的链接：https://protocolexchange.researchsquare.com/article/nprot-6107/v1

主要步骤

• 收集细胞、离心，裂解、离心，清洗、离心，得到细胞核。

• 转座酶切反应。

• clean-up。

• PCR预扩增，qPCR确定扩增轮数，扩增。

• 文库浓度测定。

评价

• 作者评价：Omni-ATAC相比standard-ATAC和FAST-ATAC，有更好的鲁棒性，适用于冻存样品，且线粒体污染较少，信噪比较高，耗材成本较低。

• 读者评价：

  • 推荐这篇protocol是因为它是目前被测序公司广泛使用的ATAC-seq方法，有必要了解一下其中的技术细节。

    • 本方法所需细胞数为5万，酶切前需破膜离心提核。

  • 如果使用该方法可以成功建库的话，就只要照着做就行了。对于提核有难度的细胞，有大佬推荐试试梯度离心。

  • 对于免疫细胞，FAST-ATAC和Omni-ATAC哪个更合适，可能还需要更多的探讨。文中T细胞是Omni略胜一筹，B细胞Omni明显胜出。对于髓系细胞和造血干细胞，文中未有提及。