快捷判断测序数据为Phred33还是64

脚本来源 ：https://www.plob.org/article/11672.html

PS: 矿工写的一系列文章都有非常详细

$ cat fq_qual_type.sh 
less $1 | head -n 1000 | awk '{if(NR%4==0) printf("%s",$0);}' \
| od -A n -t u1 -v \
| awk 'BEGIN{min=100;max=0;} \
{for(i=1;i<=NF;i++) {if($i>max) max=$i; if($i<min) min=$i;}}END \
{if(max<=126 && min<59) print "Phred33"; \
else if(max>73 && min>=64) print "Phred64"; \
else if(min>=59 && min<64 && max>73) print "Solexa64"; \
else print "Unknown score encoding"; \
print "( " min ", " max, ")";}'

测试脚本

$ sh fq_qual_type.sh R1.fq 
Phred33
( 44, 75 )