Dendroscope 超大型进化树可视化探索 | 生信分析常用

有时候，我们会拿到一棵「很大很大的」树，比如可能有几千个节点。或者说，几千个蛋白序列推断出来的进化树。对于这类巨大树，可视化比较麻烦，探索上也麻烦。
那么可以使用Dendroscope这款软件，其会基于文本多少自动显示可以显示的数目。

Dendroscope 的安装与配置

Dendroscope有不同平台的安装器，相关文件已上传过到公共仓库，请自行下载。

进入Dendroscope文件夹

选择合适的安装器即可

双击安装器即可开始安装（实际上这款软件也是 Java 写的）

推荐一切按照默认参数安装


至于内存大小设置，设置大一点，没问题

运行时内存是自动分配的，所以这个其实是一个最高可占用内存。
安装完成即可打开

Dendroscpe 的使用

使用 Dendroscope 跟使用 Figtree 类似，不过 Dendroscpe 功能更为丰富。我甚至认为其在进化树操作上，是目前最全面的。

直接从 File 菜单导入进化树文件

显示出来的进化树，可以看到，似乎是不全。但这只是方便可视化。

我们直接滚轮放大即可

其余操作确实是多，甚至包括提取子树等等。不做赘述。感兴趣的朋友可以自行摸索。

写在最后

Dendroscope 其实是一个非常强大的软件，他的强大在于基因。如果有留意软件官网，那么就会发现，另外几款强大生信软件都来自于这个研究组，比如 diamond。
至于共享软件仓库，请参考

https://tbtools.cowtransfer.com/s/97e50e9f762d44