[sambamba sort] 使用经验

software/sambamba/sambamba sort  --tmpdir=$PWD  -p   -t 10 D2001431A.duplicates_marked.bam

-p --show-progress
-t --nthreads=NTHREADS

1、对于 tmp 内存不足
使用--tmpdir=$PWD 参数
不要是用 --tmpdir=./ 容易报错
会生成一个类似 的文件夹 sambamba-pid3995-yhhs
完成后自动清空里面内容，只剩一个空文件夹

2、过多的sambamba sort 任务可能造成 大量的文件读取写入 IO
适当控制任务数量

  sambamba sort  过程就自动 产生bai  index 不需要 额外 sambamba  index