Shell脚本统计DNA序列中碱基数目

2019-04-22  本文已影响0人  dming1024

为了不编写perl脚本统计DNA中各碱基的数目,我采用了shell脚本直接对DNA序列进行统计。我的DNA序列如下两行:
ACTGATACGTACGATCGATA
ACAGEDDADTCGATCGASTCTA。
代码很简单就一行:

 cat dna.txt | paste - - |sed  's/\t//'|grep -o .|sort|uniq -c|sort -rn
     13 A
      9 T
      8 C
      7 G
      3 D
      1 S
      1 E
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