mysql导入CSV至数据库

2020-06-09  本文已影响0人  煮梦斋_bioinfo

对小白来说,生信学起来处处是陷阱,这不,又在mysql这里碰壁了。建议大家参考下B站的一个非常简洁的视频:https://www.bilibili.com/video/BV1ft411Q7QQ?from=search&seid=5436679340121858569

我需要将一个DEseq2均一化的数据重新导入mysql中,因此,大致可分为三个部分:

  1. mysql中原来的数据列表结构导出(在linux terminal上直接打命令),-d是清空表格内容
mysqldump -uroot -p -d db_tair10 total_PAC >total_PAC_tablestruc.sql
  1. 替换表格名称(在linux terminal上直接打命令),nor代表均一化的意思
sed -i 's/total_PAC/total_PAC_nor/g' total_PAC_tablestruc.sql

3.进入mysql, 将列表结构重新导入数据库

mysql -uroot -p
mysql> use dabase;
 source /home/polya/Public/myR/total_PAC_tablestruc.sql       
  1. mysql下二次删除下新导入数据库中的内容
 delete from total_PAC_nor;

5.导入DEseq2均一化的csv表格https://www.jianshu.com/p/2707a26c0c34

load data infile '/home/polya/Public/myR/DEseq2_tot_normalized.csv' into table total_PAC_nor 
FIELDS TERMINATED BY ',' 
ENCLOSED BY '"'
LINES TERMINATED BY '\n' 
IGNORE 1 ROWS;
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