收藏||微生物生态学网站贴（据说，最后一个很萌）

在学习的过程中发现一些不错的网站记录一下，在这里分享给大家。会不断更新了啦~~~

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knights lab||点击进入

看这家实验室开发的工具就知道他们有多牛了：NINJA-OPS、BugBase、QIIME2、SourceTracker。实验室主任是Dan Knights，一名计算微生物学家。 他的研究使用数据挖掘和机器学习来挖掘多种微生物和人类基因组数据来源以寻找与环境条件和人类疾病相关的模式。当然生态方面也投入了相当大的精力。

knight lab||点击进入

这两家实验室只有一字只差，而且又是同行，一开始还真容易搞混。不过他们的画风还是蛮不一样的。实验室已经开发出许多软件工具和实验室技术，可以实现高通量微生物组科学，包括QIIME（在撰写本文时引用次数超过10,000次）和UniFrac（引用超过5000次，包括其网络界面）。可见这两家实验室在开发QIIME中是有合作的。
Rob Knight是加州大学圣地亚哥分校微生物组创新中心和计算机科学与工程教授的创始主任。出版过《Follow Your Gut: The Enormous Impact of Tiny Microbes》（追随你的肠道：微小微生物的巨大影响）、《Dirt is Good: The Advantage of Germs for Your Child’s Developing Immune System》（污垢是好的：细菌为你的孩子发展免疫系统的优势），以及在TED上面发表的演讲。他的工作将微生物与包括肥胖和炎症性肠病在内的一系列健康状况联系起来，增强了我们对从海洋到苔原等环境中微生物的认识，并使全世界成千上万的研究人员能够轻松利用高通量测序技术展开自己的研究。

Holt Lab||点击进入

我们是一个计算基因组学和测序实验室，使用基因组测序，系统发育学，时空分析和流行病学来研究细菌病原体的进化和传播，包括伤寒，痢疾，大肠杆菌腹泻和肺结核等热带疾病。 我们对抗微生物药物耐药性的全球健康危机特别感兴趣，利用基因组流行病学工具了解多药耐药病原体的进化历史和全球传播，并开发新的工具用于前瞻性监测和跟踪公共卫生和临床传染病中出现的问题。

Galaxy||点击进入

Galaxy可以说是大名鼎鼎了，集成了很多宏基因组、扩增子、功能分析的分析点。而且每一种分析方法都给出了实例文件，方便易学。这里为宏基因组和功能基因组分析提供了大量资源，供研究和学术使用。 请参阅左侧的菜单和文件夹，以获取可用工具的概述，包括文档，样本数据等。这里提供的工具无需创建帐户。 但是，强烈建议您创建一个帐户，以便访问历史记录和已保存的分析，数据集和工作流程。

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Welcome to the GUide to STatistical Analysis in Microbial Ecology |点击进入

有很多简单的图示来说明多元分析的原理，可以说非常有爱了。而且呢，里面的多元分析也比较全，聚类啦，排序啦，都有的。

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Numerical Ecology with R |点击进入

《数量生态学：R语言的应用》一书的在线英语原版，提供书中的代码和实例数据。原汁原味的讲解什么叫聚类，什么叫排序以及空间分析。看完才知道一个物种丰度矩阵和一个环境因子矩阵就可以写出一本书。

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赖江山老师的博客 |点击进入

《数量生态学：R语言的应用》一书的中译者，国内积极推动R语言在生态领域的应用。博客内容虽然不是很系统但都是关于生态学和R应用的小技巧，赖老师也是很用心的啦。

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David's Statistics|点击进入

一个爱R的喜欢讲统计的老外。

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The Exelixis Lab |点击进入

一家为树而生的实验室。

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Katherine Ognyanova|点击进入

一个很懂网络图的外国妹子。

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陳俊堯老師的网站 |点击进入

这里有很多陈老师上课的资料和学生的交流，课程也蛮多的，有微生物学，环境微生物学，微生物多样性，微生物生态与演化，细菌生理学。当然啦，也有统计知识和序列分析哦。很萌的，有没有~~~

作者简介：

属性	值
姓名	周运来
性别	男（已婚）
爱好	工作
业余	生活