插件 | 超快！全基因组共线性分析

写在前面

伴随着越来越多的全基因组序列公布，比较基因组分析已然常规生信数据分析技能。MCScan 是最为常用的软件之一。久前，TBtools 已经将该软件打包，同时开放了一键化流程。用户只需要输入四个常见文件，即可完成分析：

1. 物种 1 的基因组序列.genome.fa
2. 物种 1 的基因结构注释.gff3/.gtf
3. 物种 2 的基因组序列.genome.fa
4. 物种 2 的基因结构注释.gff3/.gtf

该功能已被广泛使用，可在一些文献中看到。但这一功能的执行，往往需要耗费数个小时，甚至上天。
天下武功，唯快不破。很多时候，灵感转瞬即逝。某一步分析的开展速度过慢，往往会直接导致状态中断，影响课题开展。于是，必须加速。
整体上，这一流程的主要限速步骤，就是 BLASTP，搞定这一步骤，即可实现速度飞跃。于是...... 做了一些测试（具体内容就不说了），决定选 DIAMOND。无论评价如何，我自认为已经测试完备，分析不会受到假阳性和假阴性的影响。

插件出炉

插件依赖于 diamond 软件（打包进去了）... 所以是 .zip 文件。直接在 TBtools 使用交流群下载即可。

随后在 TBtools 插件菜单安装

于是就搞定了....

插件的使用....

Emmm，使用方法与之前的一步法完全一致（因为....其实我只是替换了比对步骤嘛...）

等了一会

于是搞定，直接用输出文件可以用 TBtools 继续出图

几年了，你还是没变。

写在后面

测试了下，菠萝和水稻全基因组共线性分析，只需要...两分钟左右。默认的版本，调用 BlastP 的话，那么至少是两个小时，甚至是一天。
真香~~~