PubMeth: 癌症相关的甲基化基因数据库
2018-05-09 本文已影响26人
生信修炼手册
在DNA甲基化与疾病的研究中,最常见的一个问题就是,是否有已经发表的文献表明某个基因在某种疾病中发生了甲基化。回答这样的问题,需要大量的文件检索工作。
PubMeth
收集和整理了文献中与癌症相关的甲基化数据,并进行了人工校对和注释,提供了一个高质量的癌症相关的发生了甲基化基因的数据库。
网址如下
http://www.pubmeth.org/
这个数据库只提供在线检索功能,并不开放下载。在检索时,提供了两种检索方式:
-
基因
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癌症
在PubMeth
数据库中,共收录了292个人类基因的记录。
http://pubmeth.biobix.be/temp/static/
对于每个基因,有相关的文献和癌症类型信息。以CDKN2A
为例,
不同癌症相关文献数量分布
不同癌症相关文献数量分布和甲基化频率
除了总体分布之外,对于该基因在每种癌症中,还给出了更加具体的信息。比如在肺癌中CDKN2A
基因的甲基化信息
http://pubmeth.biobix.be/temp/static/CDKN2A_lung.html
以癌症为关键词进行检索,我尝试了几次,可能是网络原因,都没有成功。
利用这个数据库,可以减轻文献检索的工作量,事先对某个基因或者某种疾病的甲基化研究进行一个调研。