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PubMeth: 癌症相关的甲基化基因数据库

2018-05-09  本文已影响26人  生信修炼手册

在DNA甲基化与疾病的研究中,最常见的一个问题就是,是否有已经发表的文献表明某个基因在某种疾病中发生了甲基化。回答这样的问题,需要大量的文件检索工作。

PubMeth 收集和整理了文献中与癌症相关的甲基化数据,并进行了人工校对和注释,提供了一个高质量的癌症相关的发生了甲基化基因的数据库。

网址如下

http://www.pubmeth.org/

这个数据库只提供在线检索功能,并不开放下载。在检索时,提供了两种检索方式:

  1. 基因

  2. 癌症

PubMeth数据库中,共收录了292个人类基因的记录。

http://pubmeth.biobix.be/temp/static/

对于每个基因,有相关的文献和癌症类型信息。以CDKN2A为例,

不同癌症相关文献数量分布

不同癌症相关文献数量分布和甲基化频率

除了总体分布之外,对于该基因在每种癌症中,还给出了更加具体的信息。比如在肺癌中CDKN2A基因的甲基化信息

http://pubmeth.biobix.be/temp/static/CDKN2A_lung.html

以癌症为关键词进行检索,我尝试了几次,可能是网络原因,都没有成功。

利用这个数据库,可以减轻文献检索的工作量,事先对某个基因或者某种疾病的甲基化研究进行一个调研。

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