科研绘图模板之云雨图

在生物学和生物信息学中，"云图"通常指的是一种图形表示方法，用于展示基因或蛋白质表达水平在不同样本或条件下的变化趋势。这种图形展示的方式有时被称为"云图"或"云雨图"，尤其在展示基因表达谱时。

云雨图的特点包括：

1. 颜色编码： 不同颜色代表不同的基因或蛋白质，在图中使用颜色来区分不同的生物学实体。

2. 密度表示： 在图中使用颜色的深浅或饱和度来表示基因或蛋白质的表达水平。通常，深色表示高表达，浅色表示低表达。

3. 样本或条件的排列： 不同样本或条件的基因表达谱被排列在图的不同位置。这可以是水平排列，也可以是垂直排列，取决于具体的设计。

4. 云图形状： 有时，图形的形状可以呈现云朵或雨滴的形状，这可能是为了艺术或直观效果而采用的图形设计。

5. 数据交互性： 一些云图可能具有交互性，使用户能够悬停在图中的特定基因上以查看详细信息，或者通过缩放和平移来更详细地查看整个图。

在基因表达研究中，云图可以用于展示不同条件下基因的表达模式，有助于研究者从大规模的基因表达数据中提取有意义的信息。这样的可视化工具有助于研究者直观地理解基因表达的复杂模式，发现差异表达的基因，或者观察在特定生物过程或条件下的聚类模式。

示例

library(gghalves)
ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width)) +
  geom_half_violin(
    aes(fill = Species), 
    side = 'r', 
    position = position_nudge(x = .20, y = 0), 
    adjust = 1/2) +
  geom_boxplot(width = 0.1,
               position = position_nudge(x = .20, y = 0)) +
  geom_point(
    position = position_jitter(width = .12), 
    size = .3) + 
  scale_fill_brewer(palette = "Dark2") +  
  theme_classic() +
  coord_flip()

这段R语言代码使用了ggplot2包来创建一个图形，其中展示了鸢尾花（iris）数据集中不同物种（Species）对花萼宽度（Sepal.Width）的分布情况。

解释各部分的功能：

• ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width))：设置数据集为iris，x轴为物种，y轴为花萼宽度。

• geom_half_violin：添加半小提琴图，表示物种对花萼宽度的分布。通过fill参数指定按照物种进行着色，side参数设置半小提琴图绘制在右侧，position和adjust参数用于调整半小提琴图的位置和形状。

• geom_boxplot：添加箱线图，展示物种对花萼宽度的分布范围。width参数控制箱线图的宽度，position参数用于调整位置。

• geom_point：添加散点图，通过position参数控制位置，size参数控制点的大小。

• scale_fill_brewer(palette = "Dark2")：使用brewer颜色调色板，填充色调为'Dark2'，用于区分不同物种。

• theme_classic()：使用经典主题，使图形更清晰。

• coord_flip()：对坐标进行翻转，将x轴和y轴进行交换，以更好地展示横向的分布情况。