使用clusterprofile进行富集分析
2023-02-17 本文已影响0人
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使用clusterprofile进行富集分析
1、前期如何提取所需的基因序列，可以参考这篇文章的最后
2、所需要的文件（主要需要gene_id和logFC这两列）如何进行布置和处理，主要参考下面这篇文章
clusterProfiler|GSEA富集分析及可视化 - 腾讯云开发者社区-腾讯云
3、clusterprofile中主要有两种模式，具体怎么设置参数及使用ggplot等可以参考下面这篇文章
[富集分析] 2、clusterprofile富集分析--上游分析
[富集分析] 3、clusterprofile富集分析--下游可视化
中间会有一些小问题，可以采用在R中一行行输入，然后比对的方法进行解决。
附
bitr可以转换的几种类型
R包clusterProfiler: 转换ID、GO/KEGG富集分析
富集分析中支持的几种格式，但不建议用“SYMBOL”，剩余两种是很好的。
统计 | 结合clusterProfiler理解GO富集分析
把ensemble小数点后几位取消掉的方法
awk 'BEGIN{OFS="\t"} {gsub(/[:.:].+/,"",$1); print $0}' 1.txt > 2.txt
