RNA-seq能测到rRNA序列吗?

2021-03-19  本文已影响0人  佳名

编码rRNA的基因属于中度重复序列,在基因组上有多个拷贝。
人的5.8s,18s,28s都由RNA45S编码,转录后剪切为5.8s,18s,28s
在基因组上总共又5个RNA45S,分别为RNA45SN1RNA45SN2RNA45SN3RNA45SN4RNA45SN5。分别位于13,14,15,21,22号染色体上。
理论上,RNA-seq有去除rRNA的过程,虽然能测到,但是应该丰度较低。

RNA28SN1.PNG
RNA18SN1.PNG
RNA5-8SN1.PNG
从RNA-seq结果来看:表达量:28s:18s:5.8s=180:10:1
既然是同一个基因转录的,为什么表达量差别这么大呢?
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