单细胞组学

单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.2CellChat多组别

2022-09-06  本文已影响0人  Biomamba生信基地

前言

在前面的一讲内容里(单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.1CellChat基础分析教程)我们已经给大家介绍了CellChat单样本数据处理的实操。本讲的内容主要向大家展示如何挖掘细胞通讯在不同组别中的差异。本次课程所涉及的代码测试文件在公众号后台中回复“CellChat多组别分析”获取。后续的代码如果不出意外都会在西柚云服务器中演示(做生信,如果你还在为电脑配置而烦恼。网址:西柚云生信共享服务器 )。


视频教程

单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.2CellChat多组别分析


往期回顾

如果你还没学完基础课程,一定要跟着下面蓝色超链接的顺序走,每篇文章中的超链接要点开看(按顺序掌握自然没有疑问):

B站视频,先看一遍视频再去看推送操作,建议至少看三遍:

保姆级教程 《手把手教你做单细胞测序数据分析》

单细胞测序基础数据分析保姆级教程,代码部分整理在往期推送之中:

手把手教你做单细胞测序数据分析(一)——绪论

手把手教你做单细胞测序数据分析(二)——各类输入文件读取

手把手教你做单细胞测序数据分析(三)——单样本分析

手把手教你做单细胞测序数据分析(四)——多样本整合

手把手教你做单细胞测序数据分析(五)——细胞类型注释

手把手教你做单细胞测序数据分析(六)——组间差异分析及可视化

手把手教你做单细胞测序数据分析(七)——基因集富集分析

上游fastq文件处理:

单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:cellranger

单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:dropseqRunner

细胞通讯

B站连续播放起来比较方便:

https://www.bilibili.com/video/BV1Ab4y1W7qx?p=1

往期推送

单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》1.概论

单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.1CellChat基础分析教程

其他单细胞相关技术贴也在这里:

细胞的数量由誰决定?

单细胞中应该如何做GSVA?

答读者问(三):单细胞测序前景

答读者问(四):如何分析细胞亚群

答读者问(六):Seurat中如何让细胞听你指挥

答读者问(八):为什么Read10X也会报错?

答读者问(十)整合后的表达矩阵,如何拆分出分组信息?

答读者问(十一)如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件?

单细胞文献阅读:

文献阅读系列(八)、不会吧不会吧,Nature都能白嫖?

文献阅读系列(十一)、高氧下小鼠肺发育损伤的ScRNA图谱

文献阅读系列(十二)、IgAN & STRT-Seq

非技术帖:

关于单细胞的事 谈谈后面的计划

Biomamba助推的第一篇论文发表啦


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