在线绘制Nature Communication同款双X轴富集分

2024-11-26 本文已影响0人微生信

导读：下方X轴展示富集结果p值，上方X轴以不同的颜色展示基因数。这种双X轴的展示方法不仅避免了图表的单一性，还使得富集结果的展示更为精确和直观。

《Nature Communication》文章“Proximity labelling of pro-interleukin-1αreveals evolutionary conserved nuclear interactions”fig

2F的双X轴图展示了蛋白富集结果。下方X轴对应黑色条形，表示每个富集通路的-log10(pvalue)；上方黄色X轴对应黄色折线，表示每个富集通路中的蛋白个数。利用不同颜色的刻度可以很方便地区分哪个X轴对应哪个数据，省去了不必要的图例。

1，打开作图URL

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

示例数据包括3列：

第1列是pathway名字

第2列是pvalue值(从小到大排序)

第3列是基因数

注：这3列可以在富集分析结果表格中找到。

3，输入检查

示例数据：点击输入框下面的“示例”按钮，将载入示例数据。

真实数据：数据放在excel中，调整好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V粘贴数据到输入框中。

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续选择参数。

注：输入检查是新加功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，确保数据符合模块输入要求。

4，选择参数

图片大小：设置了图片的宽度，图片的高度

字体大小：设置了轴说明文字字体大小，及X轴刻度（Y轴文字）的字体大小

Bar高度：bar的高度，越大则bar越粗

颜色：设置了bar的颜色和折线的颜色

X轴范围：设置了下方X轴的最大值和上方X轴的最大值。这里需要根据自己的数据进行设置

Marker形状：折线点的形状，圆形或者正方形

是否添加p=0.05的垂直线：添加或者不添加

字体：设置了期刊杂志中最常用的两种字体：Times New Roman和Arial。如需使用其他字体，可以下载pdf或者svg图片，然后使用acrobat illustrator进行编辑修改

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约2s后，会在页面上显示双X轴富集结果图。我们提供了pdf、svg两种矢量图，png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图，进行组图，调整文字位置，添加说明等操作，以满足个性化需求。

添加p=0.05阈值线的结果图

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