【R语言】百分比表格删除两行重新计算百分比

好不容易算好的每个样本中检测到的微生物的百分比含量

发现前面两行一个是没有分类的类型，另外一个是无法比对到微生物物种上的。这两行需要删掉，这样每个样本中微生物的占比就需要重新计算了。删除之前，每个样本中微生物的占比为

下面我们用两种方法来实现

一、使用apply函数

#读入数据
a <- read.table(file="sample_bacteria_percentage.txt",sep="\t",header=T,row.names=1)
#删除前两行
b=a[-(1:2),]
#利用apply函数对列做处理，除以每列之和
result <- apply(b,2,function(x)x/(sum(x))*100)
#检查每列之和是不是100%
colSums(result)
#数据导出
write.table(result,file="remove_recal_percent1.txt",sep="\t",quote=F)

二、使用前面讲到过的☞R中的sweep函数

#读入数据
a=read.table("sample_bacteria_percentage.txt",header=T,sep="\t",row.names=1)
#删除前两行
b=a[-(1:2),]
#每个元素除以每列之和
result=sweep(b,2,colSums(b),"/")*100
#检查每列之和是不是100%
colSums(result)
#保存结果
write.table(file="remove_recal_percent2.txt",result,quote=F,sep="\t")

删除前两列之后，我们在来看一下每个样本中微生物的占比

☞获取all_pool_species_sample.txt文件