QTL使用coloc计算共定位时的varbeta到底怎么计算

大家好，生信学习的过程中一直在跟着简书学习，现在写一些教程回馈！最近在学习使用coloc计算共定位，eQTL就是把基因表达作为一种性状,研究遗传突变与基因表达的相关性: 就好像研究遗传突变与身高的相关性一样eQTL、mQTL共定位分析属于Post-GWAS的一项重要工作，旨在GWAS结果的基础上鉴定与表型相关的eQTL和mQTL位点。  传统的GWAS是将全基因组范围内的常见变异进行关联分析，鉴定与表型相关的基因座，但鉴定出来的位点大多数位于基因间隔区，其如何通过基因或者通路影响表型很难被阐述。基于此，开发了eQTL、mQTL共定位分析方法。不过一直让我很困惑的地方是，coloc计算要求输入varbeta，本人数学基础薄弱，这个值一直让我很困扰，很多地方的GWAS或者QTL数据是没有这个值的，查了很多地方，全网都在告诉我这个值的计算公式是：

这就更让人困惑了，因为tstat根本没有这个值啊！坑！真的就想放弃了，直到我参考IEU官方教程给到的计算方式，才真的知道varbeta = se^2！varbeta = se^2！varbeta = se^2！这么简单的计算公式，全网都没人教！看来生信学到最后真的是孤独啊！知道的大神都不说话，说话的很多就是把官方教程简单翻译过来，水平一言难尽，唉！以后要多去官方教程学习，代码写的简洁优雅，完备，考虑全面。

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