Orthovenn2，搭建属于你的比较基因组学利器

写在前面

近期抽空基于OrthoVenn2给SapBase新增了一个比较基因组方面的模块。OrthoVenn2可对多物种全基因组直系同源基因簇比较和注释，

推荐安装本地版，官方提供了Docker镜像，亲测好用又方便。一方面可以用其对多个物种（没有数目限制，官方在线版似乎最多分析12个物种）一步到位的进行分析，另一方面可以在数据库上直接展示分析结果界面，方便用户访问与使用。

搭建orthovenn2

根据官方教程，直接用Docker

1. 安装mongodb，自定义安装路径

docker run --name venns-mongo -v /your_path:/data/db -d -p 27017:27017 mongo:latest

2. 安装Web API，orthovenn2主要的分析程序

docker run -d --name venns -p 6001:6001 --link venns-mongo -v /your_path:/data/orthovenn2 -e MONGO_HOST=venns-mongo lufang0411/orthovenn2:latest

3. 安装Web Front，这一步的安装路径要与Web API安装路径一致（即与步骤2的安装路径一致）

docker run --name venns-front -p 9999:80 --link venns -v /your_path:/data/orthovenn2 -e API_HOST=venns -e API_PORT=6001 -d lufang0411/orthovenn2-front:latest

4. 检查是否都安装好了依赖，以及是否成功启动

docker ps

5. 访问地址，默认9999端口，可以自行修改。 注意，如果是云服务器，需要自行在控制台释放端口

http://your_IP:9999/home

一些Docker使用方法
如果你想要关闭Docker容器

docker kill 容器ID

查看已安装的docker容器并启动

##查看容器
docker ps -a

##启动容器
docker start 容器ID

进入容器

docker exec -it 容器ID /bin/bash

windows下安装orthovenn2

需要提前安装好wsl2，参考生信石头的推文
安装好windows版本的docker

剩下的步骤跟linux上的步骤一样，需要用管理员在power shell中运行安装镜像命令，安装完成之后访问地址为http://localhost:9999

• Tips：如果你的服务器跟我的华为云一样辣鸡，跑不起来太多物种的分析。。。但是又想在网页上展示分析结果， 也许你可以在本地找个好点的电脑，先把结果跑完，然后在服务器上也跑一个几条蛋白的结果。最后将本地的结果文件直接覆盖到服务器上的结果文件夹中即可。

写在后面

“现实总是让我们城府深”