生信技巧Linux

一堆文件中查找指定文件的N种方法

2019-05-22  本文已影响24人  Y大宽

比如我现在有sra转换来的几百个fq文件,现在想找出SRR8708660-SRR8707702之间的样本。

1 grep函数

q$ ls SRR8707*|grep SRR8707|wc -l
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2 for循环

$ for i in SRR8707*;do echo $i;done|wc -l
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另外可以下面这样用

$ for i in `ls SRR8707*`;do echo $i;done|wc -l
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3 while循环

$ ls SRR8707*|while read id;do echo $id;done|wc -l
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4 输出再循环

$ ls SRR8707*>config
$ for id in `cat config`;do echo $id;done|wc -l
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5 seq

$ for i in `seq 659 702`;do echo SRR8707{i};done|wc -l
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