windows下安装hmmer软件进行结构域模式扫描
2018-04-13 本文已影响1252人
生信石头
简单介绍
HMMER，从软件名字来看就知道其实用的隐式马可夫模型来做分析的，具体是用于分析生物序列。虽然他也可以当做Blast的替代工具（…并不能提高效率，但能提高敏感度），但我认为，其最大的优点在于他可以基于序列模式进行检索。
序列模式，一般是可从保守的序列区域构建，如某个蛋白的结构域，或者某个转录因子的结合位点。其中蛋白结构域的模式，最常见的下载地方就是pfam数据库。
以下，将从安装和使用两个步骤分别展开，完成windows下HMMER的使用，用于从某个序列集合中鉴定出含有特定结构域序列
下载
按照操作系统的位数，32位或者64位，选择对应的版本下载，一般现在的都是64位
从文件名来看，3.2版本需要cygwin，那么还需要安装一堆东西，放弃他，直接安装3.0的能直接在windows下运行的版本。
安装（或者说添加环境变量）
添加刚才复制的字符串到windows系统的环境变量中，鼠标右键计算机，在弹出的菜单中选择·属性，
随后就是一路确定
此时使用windows快捷键，打开运行窗口，键盘摁下win+r，win键就是ctrl和alt旁边的那个不是fn的键，此时弹出运行窗口，在其中输入cmd，随后回车
如果显示上述情况，那么就安装成功了
使用hmmscan扫描蛋白序列集合
详细见另一篇推文….
常见使用报错
剩下的就没问题了….
在微信群看到有朋友说，直接修改header就可以，虽然我之前失败了，不过别人似乎成功了，可能是我没那会只改了 F 到 b ，没有调整日期？
总结
windows下使用编译好的（其实也是依赖于cygwin的.dll文件）的HMMER，那么必须使用pfam27.0的库，否则..无法运行
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