线性表位与构象表位

  一天，同实验室的同事问我，目标蛋白与GFP之间能不能放一个标签，用来纯化这个融合蛋白，我没有细想就回答不能，标签必须放在两端，她又问能不用来检测呢（放中间），我想了想回答可以。

  过了几天，我从新想起这个问题，这是为什么呢？纯化时要求标签放在两端，因为放在中间可能被包埋到蛋白内部，那放到中间时为什么又可以检测呢？以WB来说吧，需要先通过SDS-PAGE分离蛋白，这一步蛋白已经变性，内部包埋可能暴露出来，这要求抗体识别表位时，仅与抗原一级序列有关，而与构象无关。总是这样吗？答案是否定的，抗体既可以识别构象表位即由序列上不相连的氨基酸残基通过折叠所形的空间结构（空间表位/构象表位），也可以识别线性表位即由序列上相连接的一些氨基酸残基通过共价键所形成的结构（线性表位）。不难推测，我们WB常用的一抗都是识别线性表位的，实际上这些抗体大多是用专门的携带标签的蛋白免疫动物得到的，有些甚至直接在BSA上加上标签序列就可以免疫动物。

  现在回过头考虑内部标签的检测，SDS-PAGE上样缓冲液处理后，蛋白质三级结构全部破坏，被SDS包裹的蛋白质形成“雪茄烟”状的椭圆棒，但这种状态所有氨基酸都暴露在溶剂表面吗？不一定，所以标签加在蛋白质内部，除了不能纯化外，可能连检测都无法进行。