图形化开放式生信分析系统开发 - 4 生信分析pipeline图
2019-09-27 本文已影响0人
张恒_0978
前文链接：
在上文自动图形化开放式生信分析系统开发 - 3 生信分析pipeline的进化 讨论了生信分析pipeline的进化，从手动到自动，但仍然停留在终端命令行阶段，为了让更多非生信专业的人能够使用，就要想办法实现生信分析pipeline的图形化：提供能够快速上手的UI，简单点击鼠标就能够运行的图形化系统。
核心功能：pipeline的图形化工作流设计器
变量处理：要实现pipeline图形设计器，首先要先对用到的变量，做统一的设计。
变量的分类： 根据实际经验，pipeline变量用到根据用途可以分为以下几类：
- 分析数据目录
${data}分析过程输出目录${result}
- 分析用到的软件 bwa
${tools.bwa};samtools${tools.samtools}
- 分析流程中用的reference文件以及数据库，如 hg19.fa
${ref.hg19}
- 分析流程中，用到的cutoff值. 如 cnv的cutoff值
${cutoff.cnv}
- 分析流程运行时配置的资源，如 线程数
${threads}分配内存大小${mem}
变量值的类型：
- 字符：通用的格式，比较宽松
- 程序：校验变量值时，判断文件是否存在，是否有可执行权限
- 文件：校验变量值时，判断文件是否存在，是否有读写权限
- 目录：校验变量时，判断目录是否存在，是否有读写权限
- 数值：校验变量时，判断是否为数值格式
最终设计数据好数据结构，做好增删改查功能，UI如下：
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分析步骤/节点设计：前文提到，生信分析pipeline其实就是基于文件输入输出的工作流，这里对工作流做了简化，归纳起来工作流中有4种节点。
- Input节点，提供pipeline的起始输入文件
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- Output节点，获取pipeline的最终输出文件
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- Task节点，输入文件，运行分析过程，输出分析过程运行结果
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- Database节点，部分pipeline运行结果，需要将输出文件保存至系统数据库中
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工作流设计： 最后，有了变量，和节点，最后就是工作流的设计了。用连接线，将以上4中节点连接起来，计算相互之间的依赖关系，用统一的格式保存起来。
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设计器功能增强：
- 当分析节点没有相互连接时候，要提示错误
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修正Start的错误后，重新验证状态时：
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在Task任务中选择Start输入的文件，并填写好输出文件后：保存时提示，没有运行的命令：
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在Task中输入运行的命令，可以看到：变量提供了语法着色显示，防止输错
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最终满足校验要求后，工作流是这样的：
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最后上一张，完成了的工作流设计器：
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