生信地基系列--Bioconvert互转大部分生信格式

生命科学使用许多不同的形式。它们可能很旧，或者语法复杂，转换这些格式可能是一个挑战。生物转换的目的是提供一个共同的工具/界面，将生命科学数据格式从一种转换为另一种。

许多转换工具已经存在，但它们可能是分散的，集中在几个特定的格式，难以安装，或没有优化。通过Bioconvert，计划覆盖广泛的格式转换; 这个项目将尽可能重用现有的工具，并提供通过基准比较不同的转换工具或方法的设施。如果认为新的实现比现有的实现更好，则提供新的实现。

在2022年3月，有48种格式，98种直接转换(125种不同的方法)。

pip install bioconvert

bioconvert fastq2fasta input.fastq output.fasta
bioconvert fastq2fasta input.fq    output.fasta
bioconvert fastq2fasta input.fq.gz output.fasta.gz
bioconvert fastq2fasta input.fq.gz output.fasta.bz2

bioconvert --help
bioconvert fastq2fasta --help

# import a converter
from bioconvert.fastq2fasta import FASTQ2FASTA

# Instanciate with infile/outfile names
convert = FASTQ2FASTA(infile, outfile)

# the conversion itself
convert()

bioconvert/bioconvert: Bioconvert is a collaborative project to facilitate the interconversion of life science data from one format to another. (github.com)