虽然有老鸟和我说biopython有点过时了，很多时候自己造轮子就可以了，但是最近在写一些小脚本的时候发现biopython真的很棒，有很多轮子完全不需要重复造（可能我太菜了），关键是了解到有这些模块，所以下面简单copy一下目录。

Bio package

Subpackages

Bio package — Biopython 1.80.dev0 documentation

• Bio.Affy package
  • Submodules
    • Bio.Affy.CelFile module
  • Module contents
• Bio.Align package
  • Subpackages
    • Bio.Align.Applications package
      • Module contents
    • Bio.Align.substitution_matrices package
      • Module contents
  • Submodules
    • Bio.Align.AlignInfo module
    • Bio.Align.clustal module
    • Bio.Align.emboss module
    • Bio.Align.fasta_m8 module
    • Bio.Align.interfaces module
    • Bio.Align.maf module
    • Bio.Align.mauve module
    • Bio.Align.msf module
    • Bio.Align.nexus module
    • Bio.Align.phylip module
    • Bio.Align.stockholm module
  • Module contents
• Bio.AlignIO package
  • Submodules
    • Bio.AlignIO.ClustalIO module
    • Bio.AlignIO.EmbossIO module
    • Bio.AlignIO.FastaIO module
    • Bio.AlignIO.Interfaces module
    • Bio.AlignIO.MafIO module
    • Bio.AlignIO.MauveIO module
    • Bio.AlignIO.MsfIO module
    • Bio.AlignIO.NexusIO module
    • Bio.AlignIO.PhylipIO module
      • Note
    • Bio.AlignIO.StockholmIO module
  • Module contents
    • Input
    • Output
    • Conversion
    • File Formats
• Bio.Application package
  • Module contents
• Bio.Blast package
  • Submodules
    • Bio.Blast.Applications module
    • Bio.Blast.NCBIWWW module
    • Bio.Blast.NCBIXML module
    • Bio.Blast.ParseBlastTable module
    • Bio.Blast.Record module
  • Module contents
• Bio.CAPS package
  • Module contents
• Bio.Cluster package
  • Module contents
• Bio.Compass package
  • Module contents
• Bio.Data package
  • Submodules
    • Bio.Data.CodonTable module
    • Bio.Data.IUPACData module
    • Bio.Data.SCOPData module
  • Module contents
• Bio.Emboss package
  • Submodules
    • Bio.Emboss.Applications module
    • Bio.Emboss.Primer3 module
    • Bio.Emboss.PrimerSearch module
  • Module contents
• Bio.Entrez package
  • Submodules
    • Bio.Entrez.Parser module
  • Module contents
• Bio.ExPASy package
  • Submodules
    • Bio.ExPASy.Enzyme module
    • Bio.ExPASy.Prodoc module
    • Bio.ExPASy.Prosite module
    • Bio.ExPASy.ScanProsite module
    • Bio.ExPASy.cellosaurus module
      • Examples
  • Module contents
• Bio.GenBank package
  • Submodules
    • Bio.GenBank.Record module
    • Bio.GenBank.Scanner module
    • Bio.GenBank.utils module
  • Module contents
• Bio.Geo package
  • Submodules
    • Bio.Geo.Record module
  • Module contents
• Bio.Graphics package
  • Subpackages
    • Bio.Graphics.GenomeDiagram package
      • Module contents
  • Submodules
    • Bio.Graphics.BasicChromosome module
    • Bio.Graphics.ColorSpiral module
    • Bio.Graphics.Comparative module
    • Bio.Graphics.DisplayRepresentation module
    • Bio.Graphics.Distribution module
    • Bio.Graphics.KGML_vis module
  • Module contents
• Bio.HMM package
  • Submodules
    • Bio.HMM.DynamicProgramming module
    • Bio.HMM.MarkovModel module
    • Bio.HMM.Trainer module
    • Bio.HMM.Utilities module
  • Module contents
• Bio.KEGG package
  • Subpackages
    • Bio.KEGG.Compound package
      • Module contents
    • Bio.KEGG.Enzyme package
      • Module contents
    • Bio.KEGG.Gene package
      • Module contents
    • Bio.KEGG.KGML package
      • Submodules
      • Module contents
    • Bio.KEGG.Map package
      • Module contents
  • Submodules
    • Bio.KEGG.REST module
  • Module contents
• Bio.Medline package
  • Module contents
• Bio.NMR package
  • Submodules
    • Bio.NMR.NOEtools module
    • Bio.NMR.xpktools module
  • Module contents
• Bio.Nexus package
  • Submodules
    • Bio.Nexus.Nexus module
    • Bio.Nexus.Nodes module
    • Bio.Nexus.StandardData module
    • Bio.Nexus.Trees module
  • Module contents
• Bio.PDB package
  • Subpackages
    • Bio.PDB.QCPSuperimposer package
      • Module contents
    • Bio.PDB.mmtf package
      • Submodules
      • Module contents
  • Submodules
    • Bio.PDB.AbstractPropertyMap module
    • Bio.PDB.Atom module
    • Bio.PDB.Chain module
    • Bio.PDB.DSSP module
      • Usage
      • Examples
    • Bio.PDB.Dice module
    • Bio.PDB.Entity module
    • Bio.PDB.FragmentMapper module
    • Bio.PDB.HSExposure module
    • Bio.PDB.MMCIF2Dict module
    • Bio.PDB.MMCIFParser module
    • Bio.PDB.Model module
    • Bio.PDB.NACCESS module
    • Bio.PDB.NeighborSearch module
    • Bio.PDB.PDBExceptions module
    • Bio.PDB.PDBIO module
    • Bio.PDB.PDBList module
    • Bio.PDB.PDBParser module
    • Bio.PDB.PICIO module
    • Bio.PDB.PSEA module
    • Bio.PDB.Polypeptide module
    • Bio.PDB.Residue module
    • Bio.PDB.ResidueDepth module
    • Bio.PDB.SASA module
    • Bio.PDB.SCADIO module
    • Bio.PDB.Selection module
    • Bio.PDB.Structure module
    • Bio.PDB.StructureAlignment module
    • Bio.PDB.StructureBuilder module
    • Bio.PDB.Superimposer module
    • Bio.PDB.ic_data module
    • Bio.PDB.ic_rebuild module
    • Bio.PDB.internal_coords module
    • Bio.PDB.mmcifio module
    • Bio.PDB.parse_pdb_header module
    • Bio.PDB.vectors module
  • Module contents
• Bio.Pathway package
  • Subpackages
    • Bio.Pathway.Rep package
      • Submodules
      • Module contents
  • Module contents
• Bio.Phylo package
  • Subpackages
    • Bio.Phylo.Applications package
      • Module contents
    • Bio.Phylo.PAML package
      • Submodules
      • Module contents
  • Submodules
    • Bio.Phylo.BaseTree module
    • Bio.Phylo.CDAO module
    • Bio.Phylo.CDAOIO module
    • Bio.Phylo.Consensus module
    • Bio.Phylo.NeXML module
    • Bio.Phylo.NeXMLIO module
    • Bio.Phylo.Newick module
    • Bio.Phylo.NewickIO module
    • Bio.Phylo.NexusIO module
    • Bio.Phylo.PhyloXML module
      • See Also
    • Bio.Phylo.PhyloXMLIO module
    • Bio.Phylo.TreeConstruction module
  • Module contents
• Bio.PopGen package
  • Subpackages
    • Bio.PopGen.GenePop package
      • Submodules
      • Module contents
  • Module contents
• Bio.Restriction package
  • Submodules
    • Bio.Restriction.PrintFormat module
    • Bio.Restriction.Restriction_Dictionary module
  • Module contents
    • Examples
• Bio.SCOP package
  • Submodules
    • Bio.SCOP.Cla module
    • Bio.SCOP.Des module
    • Bio.SCOP.Dom module
    • Bio.SCOP.Hie module
    • Bio.SCOP.Raf module
    • Bio.SCOP.Residues module
  • Module contents
• Bio.SVDSuperimposer package
  • Module contents
• Bio.SearchIO package
  • Subpackages
    • Bio.SearchIO.BlastIO package
      • Submodules
      • Module contents
    • Bio.SearchIO.ExonerateIO package
      • Submodules
      • Module contents
    • Bio.SearchIO.HHsuiteIO package
      • Submodules
      • Module contents
    • Bio.SearchIO.HmmerIO package
      • Submodules
      • Module contents
    • Bio.SearchIO.InterproscanIO package
      • Submodules
      • Module contents
  • Submodules
    • Bio.SearchIO.BlatIO module
      • Supported Formats
    • Bio.SearchIO.FastaIO module
      • Supported Formats
      • fasta-m10
  • Module contents
    • Input
    • Output
    • Conversion
    • Conventions
      • Python-style sequence coordinates
      • Sequence coordinate order
      • Frames and strand values
    • Supported Formats
• Bio.SeqIO package
  • Submodules
    • Bio.SeqIO.AbiIO module
    • Bio.SeqIO.AceIO module
    • Bio.SeqIO.FastaIO module
    • Bio.SeqIO.GckIO module
    • Bio.SeqIO.IgIO module
    • Bio.SeqIO.InsdcIO module
    • Bio.SeqIO.Interfaces module
    • Bio.SeqIO.NibIO module
    • Bio.SeqIO.PdbIO module
    • Bio.SeqIO.PhdIO module
    • Bio.SeqIO.PirIO module
    • Bio.SeqIO.QualityIO module
    • Bio.SeqIO.SeqXmlIO module
    • Bio.SeqIO.SffIO module
    • Bio.SeqIO.SnapGeneIO module
    • Bio.SeqIO.SwissIO module
    • Bio.SeqIO.TabIO module
    • Bio.SeqIO.TwoBitIO module
    • Bio.SeqIO.UniprotIO module
    • Bio.SeqIO.XdnaIO module
  • Module contents
    • Input
    • Input - Single Records
    • Input - Multiple Records
    • Input - Alignments
    • Output
    • Output - Advanced
    • Conversion
    • File Formats
• Bio.SeqUtils package
  • Submodules
    • Bio.SeqUtils.CheckSum module
    • Bio.SeqUtils.CodonUsage module
    • Bio.SeqUtils.CodonUsageIndices module
    • Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint module
    • Bio.SeqUtils.MeltingTemp module
    • Bio.SeqUtils.ProtParam module
      • Examples
    • Bio.SeqUtils.ProtParamData module
    • Bio.SeqUtils.lcc module
  • Module contents
• Bio.Sequencing package
  • Subpackages
    • Bio.Sequencing.Applications package
      • Module contents
  • Submodules
    • Bio.Sequencing.Ace module
    • Bio.Sequencing.Phd module
  • Module contents
• Bio.SwissProt package
  • Submodules
    • Bio.SwissProt.KeyWList module
  • Module contents
• Bio.TogoWS package
  • Module contents
• Bio.UniGene package
  • Module contents
• Bio.UniProt package
  • Submodules
    • Bio.UniProt.GOA module
  • Module contents
• Bio.Wise package
  • Submodules
    • Bio.Wise.dnal module
    • Bio.Wise.psw module
  • Module contents
• Bio.codonalign package
  • Submodules
    • Bio.codonalign.chisq module
    • Bio.codonalign.codonalignment module
    • Bio.codonalign.codonseq module
  • Module contents
• Bio.motifs package
  • Subpackages
    • Bio.motifs.applications package
      • Module contents
    • Bio.motifs.jaspar package
      • Submodules
      • Module contents
  • Submodules
    • Bio.motifs.alignace module
    • Bio.motifs.clusterbuster module
    • Bio.motifs.mast module
    • Bio.motifs.matrix module
    • Bio.motifs.meme module
    • Bio.motifs.minimal module
    • Bio.motifs.pfm module
    • Bio.motifs.thresholds module
    • Bio.motifs.transfac module
    • Bio.motifs.xms module
  • Module contents
• Bio.phenotype package
  • Submodules
    • Bio.phenotype.phen_micro module
    • Bio.phenotype.pm_fitting module
  • Module contents
    • Input
    • Input - Single Records
    • Output
    • File Formats

Submodules

• Bio.File module
• Bio.LogisticRegression module
• Bio.MarkovModel module
• Bio.MaxEntropy module
• Bio.NaiveBayes module
• Bio.Seq module
• Bio.SeqFeature module
  • Base class to hold a Feature
  • Hold information about a Reference
  • Specify locations of a feature on a Sequence
• Bio.SeqRecord module
• Bio.bgzf module
  • Aim of this module
  • Technical Introduction to BGZF
  • Warning about namespaces
  • Examples
  • Text Mode
• Bio.kNN module
• Bio.pairwise2 module