2020-01-14 如何合并VCF文件
2020-01-14 本文已影响0人
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因为一直在练手GWAS分析，所以刚开始Call SNP的时候是单个个体call的，后面就需要把这些不同vcf合并。
琢磨两天后，发现bcftools可以搞定。
首先对每个个体分别压缩。再建立索引。
bgzip XZ0201.call.vcf
tabix -p vcf XZ0201.call..vcf.gz
最后，bcftools合并即可。
bcftools -merge XZ0201.call.vcf.gz XZ0209.call.vcf.gz XZ0215.call.vcf.gz XZ0224.call.vcf.gz XZ0230.call.vcf.gz XZ0410.call.vcf.gz XZ0416.call.vcf.gz XZ0423.call.vcf.gz > merge.vcf
