TBtools的GO(gene ontology)层级解析出问题
2019-10-22 本文已影响0人
生信石头
写在前面
一个师妹在分析一套数据,比较了agriGO和TBtools的富集结果...发现了两者有挺大的差异,如下
AgriGO

TBtools

大家都是输入一个背景注释信息【师妹从ArgiGO下载的....】,为什么TBtools和AgriGO会不一样?类似的问题,曾经有人在其他一些网页工具分析之后拿来跟TBtools对比,最后都是TBtools对,其他有问题。
到底是谁的问题?
AgriGO与TBtools都会给出富集集合对应的系列ID,于是我们可以做一个Venn
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惊呆了,居然有这么大的差异。这个明显是天南地北。要验证到底是谁出了问题,我们可以挑取双方特有的ID,结合输入的注释信息,进而获得最终结果。
挑取其集合种特有的

得到这些GO号,我们可以逐个查看DAG图
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

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惊呆了...居然没有....【氮复合物代谢过程】?
不科学啊,难道是师妹搞错了?于是我又回到官网
首先,富集结果是有的
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但是,背景注释却一个都没有!?....


没错啊,这个基因不可能有注释到对应Term【氮复合物代谢过程】的可能啊,AgriGO是怎么了?
但是故事并没有结束。。。

我居然发现这些甚至没有注释的ID,也在其中,Unbelivable....
不应该啊,难道我做错了
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最后发现,师妹下载错了AgriGO的文件...,我更新到对应的背景下之后,两者的Overlap就恢复了。

然而,我们仍然可以看到...双方有uniq,我对双方的UniqID做了同样的检查...
结果仍然是AgriGO似乎确实存在一些解析的问题?
我们可以看到


或者

他们应该被解析到....
写在最后
千锤百炼才是真!
TBtools又一次没让我失望。