TBtools的GO(gene ontology)层级解析出问题
2019-10-22 本文已影响0人
生信石头
写在前面
一个师妹在分析一套数据,比较了agriGO和TBtools的富集结果...发现了两者有挺大的差异,如下
AgriGO
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/eebf793bbad39fdb.png)
TBtools
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/7e1bb2c45a8b868c.png)
大家都是输入一个背景注释信息【师妹从ArgiGO下载的....】,为什么TBtools和AgriGO会不一样?类似的问题,曾经有人在其他一些网页工具分析之后拿来跟TBtools对比,最后都是TBtools对,其他有问题。
到底是谁的问题?
AgriGO与TBtools都会给出富集集合对应的系列ID,于是我们可以做一个Venn
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/f7697598bea21de1.png)
惊呆了,居然有这么大的差异。这个明显是天南地北。要验证到底是谁出了问题,我们可以挑取双方特有的ID,结合输入的注释信息,进而获得最终结果。
挑取其集合种特有的
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/18f3498f017c0422.png)
得到这些GO号,我们可以逐个查看DAG图
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/2268c99a3a62d68f.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/c0688fd5f186ef67.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/0980496640811980.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/8393307133587f8e.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/dad481284951f22d.png)
惊呆了...居然没有....【氮复合物代谢过程】?
不科学啊,难道是师妹搞错了?于是我又回到官网
首先,富集结果是有的
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/60441b64f2de5894.png)
但是,背景注释却一个都没有!?....
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/755e7c328b4c5062.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/aa0377550c0e8ee1.png)
没错啊,这个基因不可能有注释到对应Term【氮复合物代谢过程】的可能啊,AgriGO是怎么了?
但是故事并没有结束。。。
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/8d78dda19893d5e2.png)
我居然发现这些甚至没有注释的ID,也在其中,Unbelivable....
不应该啊,难道我做错了
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/0ffd3fbdb689b615.png)
最后发现,师妹下载错了AgriGO的文件...,我更新到对应的背景下之后,两者的Overlap就恢复了。
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/5d72f499acda7b0f.png)
然而,我们仍然可以看到...双方有uniq,我对双方的UniqID做了同样的检查...
结果仍然是AgriGO似乎确实存在一些解析的问题?
我们可以看到
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/6b6dc4b6bf879622.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/74da8ab30e654f95.png)
或者
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/2405005a944dacb1.png)
他们应该被解析到....
写在最后
千锤百炼才是真!
TBtools又一次没让我失望。