hisat2-build建立索引所需的SNP文件
2020-05-17 本文已影响0人
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hisat2建立索引的时候支持将SNP的信息考虑进基因组中，在比对的过程中，不会将Alt SNP当做mismatch看待。
hisat2-build -p 8 --snp hisat2_snps.txt hg19.fasta hisat2_index/
这里对SNP文件的要求是 ：(https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml#the-hisat2-build-indexer)：
这里的格式是：rs58784443 single 13 18447947 T
每一列分别为：SNP ID <tab> snp type (single, deletion, or insertion) <tab> chromosome name <tab> zero-offset based genomic position of a SNP <tab> alternative base (single), the length of SNP (deletion), or insertion sequence (insertion)
第一列是rsID （或者任何唯一的ID标志），第二列是SNP种类（single, deletion, or insertion），第三列是染色体，第四列是位置，第五列是Alt SNP。值得注意的是位置必须是0-based的，即从0开始计数的位置。
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