【单细胞】krona展示细胞类型分布

前面也测试过好几个画饼图的方法。最近看到在展示单细胞数据的时候，别人展示的这个不同层的比例挺好看的，看了一下，是宏基因组领域展示物种分类常用的工具：krona。所以，我们学习测试一下krona来如何做多层饼图。

https://www.nature.com/articles/s41467-022-30963-8#Sec2

#下面是宏基因组物种的展示。

官方地址：https://github.com/marbl/Krona/releases/

网上说的有windows版本也有linux版本，但是我看windows版本只有2.4有：

https://github.com/marbl/Krona/releases/tag/xl2.4

======windows版本测试======

使用起来很简单，解压压缩文件，点击文件夹中的install_Windows.vbs文件，就可以安装了。使用的时候打开文件夹里面的Krona.xltm文件，类似打开excel文件。

其中数据格式方面：Granola1/2为样品值和颜色控制（网上建议：属于optional，可以不填），可添加或减少样品数量。最后一组Serving为值对应的名称和分类级别，并且允许注释值缺失。

然后点击Create chart就可以创建一个html的文件了。

现在我们测试NC那个paper中的结果，按例子的格式，把单细胞的结果替换进去。

从最里面到最外面的圆环分别是Cells下面对应不同的分类级别。

网上说点击页面snapshot，就可以将文件下载为svg格式了，用AI打开就是矢量图。可是我用firefox打开点击snapshot的时候一闪而过，不确定问题出在了哪里。

======linux版本测试======

安装：conda install -c bioconda krona   #我喜欢用conda安装，所以就用从大了，当然官网也提供了源码安装

输入数据：数据不能有列名，数据的顺序分别是，第一列是数值，后面依次是第一、二、三级分类。将文件保存为text文件。分析也是ktImportText命令一行代码完成。

命令：ktImportText input.txt -o cell.html    #可以看出和前面windows差不多的效果