功能强大的TCGA再分析平台
2020-03-03 本文已影响0人
生信宝典
TCGA是研究肿瘤相关机制的重要资源。在线数据库更新改版都比较快，使用时需要参照最新的线上数据教程。不过癌症相关的数据库操作起来也都比较类似，输入一个或多个关注的目的基因，查看基因的功能注释，基因在哪些样品中存在突变，突变位点的分布，共表达网络，生存分析等。
本系列包括了TCGA本站中数据的浏览、下载，尤其是TCGA改版后的功能介绍(增加了OncoGrid展示)，然后是cBioPortal，TCGA数据在线提供的分析类型最多的一个平台，再是FIREBROWSE，比较不错的在线展示和方便的数据下载功能。
cBioPortal | 功能强大的TCGA再分析平台
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cBioPortal可查询选定的癌症中某一通路的基因或用户自定义的多个基因的信息，多个基因的结果部分合并展示，部分独立展示。下面以TP53和BRAF为例。
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柱状图展示了2个基因在选择的样品（横轴）中的突变类型（不同颜色）及其突变频率（纵轴）的分布。
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鼠标悬浮柱子上可查看详细信息，Click View details查看更多信息。
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查询基因在选定样品中的突变情况概览。
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Mutation面板进入查看基因水平突变的分布。
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基因之间是否存在并发或互斥的突变。
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基因共表达分析。
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查询基因与突变频率最高的基因中连接最多的50个基因之间的互作网络。
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包含查询的基因突变的病人和其它病人之间的生存分析比较。
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FireBrowse | BROAD开发的TCGA分析平台，强大的下载功能
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特定基因表达谱查询。
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类似于OncoGrid显示特定癌症中没Mb的突变率、突变类型、基因突变类型的分布。
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FIREBROWSE的特色是提供了比较多类型的关联分析。
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数据分析方法描述、下载。
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把基因根据表达量的四分位数分为4组之后的生存分析结果。
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数据整体下载，FIREBROWSE提供了一个脚本工具，可以按需下载。
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