如何将Rmd转换为R文件和R脚本

首先从R Markdown文件中提取R代码，可以使用R的knitr::purl()函数。这个函数可以将R Markdown文件(.Rmd)转化为R脚本(.R)。以下是如何使用这个函数的例子：

# 导入knitr包
library(knitr)

# 使用purl()函数提取Rmd文件中的R代码
purl(input = "your_file.Rmd", output = "output_file.R")

在上述代码中，将"your_file.Rmd"替换为你的R Markdown文件的路径，"output_file.R"替换为你想要输出的R脚本的路径。这个函数将会提取Rmd文件中的R代码并保存到输出文件中。

然后如果想要转换为Rscript的话

可以使用命令行参数传递值。commandArgs()函数可以帮助你获取这些参数。但是请注意，commandArgs()会返回所有的命令行参数，包括调用R脚本本身的命令（例如，"Rscript"或"R CMD BATCH"）和脚本的名称。

# 获取命令行参数
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)

# 检查是否有参数被传入
if(length(args) == 0) {
  stop("No name argument provided. Please specify a name.")
}

# 第一个参数被赋值给'name'
name <- args[1]

print(paste("The input name is:", name))

然后，你可以在命令行中运行你的R脚本，并传入一个参数：

Rscript your_script.R GZ2333

这里，your_script.R是你的R脚本的名称，GZ2333是传递给脚本的参数。这个参数会被赋值给name变量，然后在脚本中使用。

注意：在使用commandArgs()时，trailingOnly = TRUE参数意味着我们只关心脚本名称后面的参数，即我们传递给脚本的参数。这样可以避免获取到调用R脚本的命令和脚本的名称。