如何将Rmd转换为R文件和R脚本
2023-09-09 本文已影响0人
可能性之兽
首先从R Markdown文件中提取R代码,可以使用R的knitr::purl()
函数。这个函数可以将R Markdown文件(.Rmd)转化为R脚本(.R)。以下是如何使用这个函数的例子:
# 导入knitr包
library(knitr)
# 使用purl()函数提取Rmd文件中的R代码
purl(input = "your_file.Rmd", output = "output_file.R")
在上述代码中,将"your_file.Rmd"
替换为你的R Markdown文件的路径,"output_file.R"
替换为你想要输出的R脚本的路径。这个函数将会提取Rmd文件中的R代码并保存到输出文件中。
然后如果想要转换为Rscript的话
可以使用命令行参数传递值。commandArgs()
函数可以帮助你获取这些参数。但是请注意,commandArgs()
会返回所有的命令行参数,包括调用R脚本本身的命令(例如,"Rscript"或"R CMD BATCH")和脚本的名称。
# 获取命令行参数
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
# 检查是否有参数被传入
if(length(args) == 0) {
stop("No name argument provided. Please specify a name.")
}
# 第一个参数被赋值给'name'
name <- args[1]
print(paste("The input name is:", name))
然后,你可以在命令行中运行你的R脚本,并传入一个参数:
Rscript your_script.R GZ2333
这里,your_script.R
是你的R脚本的名称,GZ2333
是传递给脚本的参数。这个参数会被赋值给name
变量,然后在脚本中使用。
注意:在使用commandArgs()
时,trailingOnly = TRUE
参数意味着我们只关心脚本名称后面的参数,即我们传递给脚本的参数。这样可以避免获取到调用R脚本的命令和脚本的名称。