相关参数

-e<script>或--expression=<script> 以选项中指定的script来处理输入的文本文件。
-f<script文件>或--file=<script文件> 以选项中指定的script文件来处理输入的文本文件。
-h或--help 显示帮助。
-n或--quiet或--silent 仅显示script处理后的结果。
-V或--version 显示版本信息。

动作说明

a ：新增， 在新的一行出现（下一行）
c ：取代
d ：删除
i ：插入，在新的一行出现(上一行)
p ：打印，将某个选择的数据打印到窗口。
s ：取代

替代、删除、新增、提取特定行列

sed '2,5d' file.txt#删除file的2-5行
sed '2a hello' file.txt#在第二行后，即第三行增加一行hello
sed '2i hello' file.txt#在第二行前增加一行
#增加2行以上用 \ 隔开

替代

image.png

sed 's/#//g' file1.txt > file2.txt
#将file1.txt中的所有#替换空，g代表全局替换，写到file2.txt中

image.png

sed 's/\[[0-9]\+\]//g' file2.txt > file3.txt
sed 's/:GT//g' file3.txt > file.txt

image.png

可以通过 | 将三个命令连接

sed 's/#//g' file1.txt | sed 's/\[[0-9]\+\]//g' | sed 's/:GT//g' > file.txt

保留与替换

匹配一串字符，只保留特定的字符

abcd37600.01.A01 #匹配这串字符 只保留中间的数字
sed 's/abcd\([0-9]\.01\.A01/\1/'

在特定的字符前面与后面增加字符

在所有mRNA[0-9]前面和后面增加特定的字符

sed 's/\([(,]\)\([^(:,]\+\)/\1Tp57577_TGAC_V2_\2\.T01/g'  文件名

image.png