R package：Mfuzz进行基因表达的时间趋势分析并划分聚
2022-12-31 本文已影响0人
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安装
BiocManager::install("Mfuzz")
library("Mfuzz")
data(yeast)
##缺失值的处理
yeast.r <- filter.NA(yeast, thres=0.25)
yeast.f <- fill.NA(yeast.r,mode="mean")#还可以是knn/wknn
##标准化数据
yeast.s <- standardise(yeast.f)
## m值评估
m1 <- mestimate(yeast.s)
## 评估C聚类簇数
tmp <- Dmin(yeast.s,m=m1,crange=seq(4,40,4),repeats=3,visu=TRUE)
##表达水平低或者波动小的数据处理
tmp <- filter.std(yeast.f,min.std=0)
聚类.png
参考资料
R语言Mfuzz包：分析时间序列的组学数据 - 墨天轮 (modb.pro)
https://mp.weixin.qq.com/s/J5hNJlNj2-fSIOkFLlfhMg
