前言

今天说一下如何“上位”～

1.大神橙子牛奶糖已经写得很清楚了，不多写：

https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/13813946.html

2.唯一真的要说的就是这个“二分类表型文件phenocc.txt”

只要看过GWAS分析-说人话（2）认识文件名，应该也问题不大

（https://www.jianshu.com/p/343ad060cc99）

就找到对应的列，复制黏贴到1个3列的txt文件处就行（Excel也能做，后面保存成txt就行），

想着都要用linux处理的话，就想多了。

3.如果不想做全基因组范围的，

 利用--extract snps.txt 准备基因型文件即可。

（本小结文件格式可以是ped/map或者bed/bim/fam，大神的格式为ped/map，用的是--file），

如使用bed/bim/fam，注意文件是用-bfile 即可

plink --noweb --bfile SNPs --pheno phenocc.txt --epistasis --epi1 1 --out test

后记：

Plink还是挺“银杏”的～

点赞超过100的话才写epistasis的理论东西吧～

以上～