本节带领大家安装BSA项目分析所需的软件。

conda安装

conda 可以自动安装软件，非常适合初学者使用。并且可以创建多个环境，来安装需要较多依赖些软件。

# 下载 Anaconda
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2023.03-1-Linux-x86_64.sh

# 安装anaconda
bash Anaconda3-2023.03-1-Linux-x86_64.sh

# 配置conda channels(使用清华的镜像，也可以选择其它的)
channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
- defaults
show_channel_urls: true

# 使用 conda 安装和管理 python 模块
conda install biopython

# conda安装软件，首先建一个新的conda环境，再安装软件
conda create -n xxx
conda activate XXX
conda install fastqc  fastp bwa samtools picard gatk4 bcftools hisat2 seqtk seqkit bedtools snpeff vcftools plink mutmap qtlseq 

R包安装

inatall.packages(c("argparser","ggplot2","patchwork"))
install.packages(c("formattable","rjson","tidyverse"))
install.packages("seqinr")
BiocManager::install("AnnotationForge")
BiocManager::install("clusterProfiler")
BiocManager::install("MMAPPR2")

手动安装

• fastqc
  网 址：https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

# 手动安装
wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip
unzip fastqc_v0.11.9.zip
cd FastQC/
chmod 755 ./fastqc

• fastp
  网址：https://github.com/OpenGene/fastp

# 手动安装
wget http://opengene.org/fastp/fastp
chmod a+x ./fastp

• bwa
  网址：https://github.com/lh3/bwa

# 手动安装
git clone https://github.com/lh3/bwa.git
cd bwa
make

• samtools
  网址：https://github.com/samtools/samtools

# 手动安装
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.13/samtools-1.13.tar.bz2
tar -xvf samtools-1.13.tar.bz2
cd samtools-1.13
./configure
make

• picard
  网址：https://broadinstitute.github.io/picard/

# 免安装下载即可
wget https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/2.25.7/picard.jar

• gatk4
  网址：https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us

# 免安装下载即可
wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.2.2.0/gatk-4.2.2.0.zip
unzip gatk-4.2.2.0.zip

• bcftools
  网址：https://samtools.github.io/bcftools/

# 手动安装
wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.13/bcftools-1.13.tar.bz2
tar -jxvf bcftools-1.13.tar.bz2
cd bcftools-1.13
./configure
make

• iTools
  网址：https://github.com/BGI-shenzhen/Reseqtools

# 下载后解压缩即可
git clone https://github.com/BGI-shenzhen/Reseqtools.git
cd Reseqtools
tar -zxvf iTools_Code20180520.tar.gz

• bcftools
  网址：https://samtools.github.io/bcftools/

# 下载后解压缩即可
git clone https://github.com/BGI-shenzhen/Reseqtools.git
cd Reseqtools
tar -zxvf iTools_Code20180520.tar.gz

• hisat2
  网址：http://daehwankimlab.github.io/hisat2/

# 下载后解压缩即可
wget http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/#version-hisat2-221
unzip hisat2-2.2.1-Linux_x86_64.zip

• seqtk

# 普通用户安装
git clone https://github.com/lh3/seqtk.git;
cd seqtk
make

• seqkit
  网址：https://bioinf.shenwei.me/seqkit/

# 选择服务器系统对应版本，下载后直接解压即可
wget https://github.com/shenwei356/seqkit/releases/download/v2.0.0/seqkit_linux_arm64.tar.gz
tar -zxvf seqkit_linux_arm64.tar.gz

• bedtools
  网址：https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/

# 下载后修改权限即可
wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.30.0/bedtools.static.binary
mv bedtools.static.binary
chmod 755 bedtools.static.binary

• snpeff
  网址：http://pcingola.github.io/SnpEff/

# java软件 官网下载后解压缩即可
unzip snpEff_latest_core.zip

• annovar
  网 址：https://www.openbioinformatics.org/annovar/annovar_download_form.php
  该软件需要学术机构邮箱注册申请下载，申请通过后会收到包含下载链接的邮件。

# 为perl语言编写，解压后即可使用
tar -zxvf annovar.latest.tar.gz

• ucsc-gtftogenepred 和 ucsc-gff3togenepred
  网址：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/

# 直接下载可执行程序，添加可执行权限即可
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/gtfToGenePred
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/gff3ToGenePred
chmod 755 gtfToGenePred
chmod 755 gff3ToGenePred

• plink
  网址：https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/

## 下载后解压即可
wget https://s3.amazonaws.com/plink1-assets/plink_linux_x86_64_20210606.zip
unzip plink_linux_x86_64_20210606.zip -d plink1.9

• MutMap和QTL-seq
  网址：https://github.com/YuSugihara/MutMap
  依赖软件较多，建议使用conda安装

conda install mutmap qtlseq