依然是这篇文章《A comparative encyclopedia of DNA elements in the mouse genome》，作者提出了一个新的考察两个物种之间表达保守性的方法：即利用共表达来鉴定两个物种基因的表达保守性，Neighborhood analysis of conserved co-expression（NACC）
对于human和mouse两个物种，我们取它们的 orthologs ，分别在human和mouse的表达矩阵里面计算两两基因之间的相关性，
然后根据这些相关性画一个联合概率密度分布图（想象成3维的概率密度分布图）：

这个图的横坐标代表 human 中 orthologs 基因对的相关性；纵坐标表示 mouse 中 orthologs 基因对的相关性
比方说 human 和 mouse 中研究的基因一共有5个，那么human中 gene_1 和 gene_2 的相关性为 c1，而 mouse 中 gene_1 和 gene_2 （orthologs）的相关性为 c2，那么就产生了有序数对（ c1，c2 ）；human中 gene_1 和 gene_3 的相关性为 c3，而 mouse 中 gene_1 和 gene_3（orthologs）的相关性为 c4，那么就产生了有序数对（ c3，c4 ）。那么gene_2 与 gene_3 的计算也是类似的（依此类推）。最后统计各个有序数对出现的频率，以有序数对建立二维坐标就可以得到联合概率密度分布图了

NACC

NACC的步骤如下：

1. 分别计算human和mouse的基因表达的相关系数
2. 在human中确定一个基因test gene，并且在human的基因相关系数矩阵中选出前20个与test gene相关性系数最高的前20个基因，定义这些基因在human中是与test gene共表达的gene set，并定义为human neighborhood genes。将test gene和human neighborhood genes在mouse中找到同源基因，并且在mouse的基因相关系数矩阵中计算test gene（test gene在这里理解为在mouse中的直系同源基因）与human neighborhood genes（human neighborhood genes在这里理解为human neighborhood genes在mouse中的直系同源基因）的欧式距离定义为 d1
3. 在mouse中，针对该test gene在mouse的基因相关系数矩阵中选出前20个与test gene相关性系数最高的前20个基因，定义这些基因在mouse中是与test gene共表达的gene set，并定义为mouse neighborhood genes。将test gene和mouse neighborhood genes在human中找到同源基因，并且在human的基因相关系数矩阵中计算test gene（test gene在这里理解为在human中的直系同源基因）与mouse neighborhood genes （mouse neighborhood genes在这里理解为mouse neighborhood genes在human中的直系同源基因）的欧式距离定义为 d2
4. NACC定义为 ΔD = (d1 + d2) / 2

Distance表示的是ΔD = (d1 + d2) / 2，上图中蓝色分布是在基于同源基因映射 ΔD（共表达基因是人和小鼠的同源基因） ，而红色分布是随机选取的基因（共表达基因是非同源基因，随机挑选而得）

上图的结果显示，在A物种中，与test gene共表达的基因，同源到另一个物种B上，与在B中的test gene（A中的test gene在B中的直系同源基因）也是共表达的。共表达的基因往往富集在一个通路上，而近缘物种往往功能都是相似的，因此在相同的条件下，在A中共表达的那些基因在B中也共表达

怎么理解ΔD越小，表达越保守

首先，在human里面，test gene与human中共表达的20个基因表达相关性很高，那么意味着在mouse中的欧式距离d1与human中的欧式距离d2如果比较相近，说明在mouse中的test gene与human中共表达的20个基因的orthologs的相关性也比较高，从而进一步说明了两者之间的共表达模式是相同的（共表达模式相同指的是与test gene共表达的这20个基因在human中与在mouse中具有相同的表达模式，即test gene与这20个基因无论是在human中还是mouse中的相关性都很高）