45 - 蛋白质组数据分析
2022-05-04 本文已影响0人
Hello育种
来自Anup Shah的讲解
目录：
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背景介绍
氨基酸 - 肽 - 蛋白质
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转录后的修饰装饰：
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蛋白组学的由澳大利亚教授Marc Wilkins在1990s提出，
蛋白组学是研究蛋白组成，结构，功能和蛋白互做的工作。
为什么要做：
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检测蛋白方式
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检测蛋白仪器-质谱
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内部原理：
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LC-LS/MS 数据：注意检测的是肽
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其数据时3D类型：
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技术图：
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定量：
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进行基因组的比对的软件(数据库)：
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MaxQuant, FRGPIPE工具非常好。
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蛋白ID， LFQ_intensity_total 感兴趣数据
从MaxQuant得到表格数据后：
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数据分析workflow
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差异基因表达的经典分析时使用limma（P值）
分析：
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代码
准备包和读入数据（R）
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探索数据
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预处理：
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view(data_se)
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缺失值可视化：
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进行筛选
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查看显著差异表达蛋白的图：
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整体查看蛋白表达
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注释
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