UMINGS临床检验

NGS中的唯一分子标记策略(UMI strategy in NG

2021-07-14  本文已影响0人  evolisgreat

什么是唯一分子标记?

  唯一分子标记(UMI)是一种分子条形码,可以在测序过程中错误校正,提高准确性。

  这些分子条形码均为短序列,可特异性的标记样本文库中的每个分子。UMI可用于各种测序应用,许多是与DNA和cDNA的PCR重复相关的应用。RNA-seq基因表达分析和其他定量测序方法也可以采用UMI来去除重复。UMI被用于二代测序和三代测序[1]

唯一分子标记的优势

  UMI测序可以降低假阳性变异检出的概率,同时能提高变异检测的灵敏度[2-4]。由于起始材料中的每个核酸都有唯一的分子条形码,因此,生物信息学软件可以高度精确地过滤出重复的read和PCR错误,报告唯一read,从而在最终数据分析之前消除已识别的错误。

UMI的工作原理

  UMI会在给定样本文库中的每个分子上添加一个唯一条形码。通过在每个原始DNA片段上添加单独的条形码,可以将原始样本中的变异等位基因(真实变异)与文库制备、靶向富集或测序过程中引入的错误区分开。

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常见UMI策略

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参考资料

  1. Karst, S.M., Ziels, R.M., Kirkegaard, R.H. et al. High-accuracy long-read amplicon sequences using unique molecular identifiers with Nanopore or PacBio sequencing. Nat Methods 18, 165–169 (2021).

  2. https://dnatech.genomecenter.ucdavis.edu/faqs/what-are-umis-and-why-are-they-used-in-high-throughput-sequencing/

  3. MacConaill, L.E., Burns, R.T., Nag, A. et al. Unique, dual-indexed sequencing adapters with UMIs effectively eliminate index cross-talk and significantly improve sensitivity of massively parallel sequencing. BMC Genomics 19, 30 (2018).

  4. https://sfvideo.blob.core.windows.net/sitefinity/docs/default-source/application-note/xgen-dual-index-umi-adapters-resolve-index-hopping-and-enable-low-frequency-variant-detection.pdf?sfvrsn=22bf0b07_8

  5. https://www.illumina.com.cn/content/dam/illumina-marketing/documents/products/datasheets/trusight-oncology-umi-reagents-datasheet-1000000050425.pdf

  6. https://sfvideo.blob.core.windows.net/sitefinity/docs/default-source/protocol/idt_xgen-udi-umi-adapters-quick-reference-guide.pdf?sfvrsn=2e8d1007_6

  7. https://swiftbiosci.com/wp-content/uploads/2019/11/DTS-016-Accel-NGS-2S-DNA-Library-Kits-Datasheet-Rev-1.pdf

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