NAR2019数据集——CNIT RNA编码能力预测
2019-07-11 本文已影响12人
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lncRNA是指长链的非编码RNA。指的是没有编码能力的RNA。但是随着研究的深入。我们发现一些lncRNA也存在编码能力。CNIT是一个预测RNA是否具有编码能力的数据库
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输入
CNIT数据库接受mRNA序列的的 fasta格式的输入。我们可以输入多个fasta序列来预测其基因是否具有编码能力。如果大于1000条序列可以通过上传fasta文件来进行预测。
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我们这次使用实例文件的More Fasta来进行预测。
输出
预测的结果包括一个下载方式以及结果的展示。我们的原始结果当中可以看到每一条fasta是否具有蛋白编码能力。同时也会本数据库自己计算的编码蛋白能力的得分。
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另外我们可以通过 Details—View来查看每个fasta预测的详细结果
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代码行运行
如果觉得网页形式比较麻烦。这个数据库也提供了代码行运行的工具。这个工具是使用python编写的。使用python运行就行。
Animal:
[root@bogon CNIT]# python CNIT.py -f CNIT_Test_Data_multi_animal.fa -o CNIT_Test_Data_Result_animal -m 've'
Plant:
[root@bogon CNIT]# python CNIT.py -f CNIT_Test_Data_multi_plant.fa -o CNIT_Test_Data_Result_plant -m 'pl'
